Archaeoglobaceae

Archaeoglobaceae
REM-Aufnahmen von A. fulgidus Stamm 7324
Systematik
Abteilung: Euryarchaeota Klasse: Archaeoglobi Ordnung: Archaeoglobales Familie: Archaeoglobaceae
Wissenschaftlicher Name
Archaeoglobaceae
Huber & Stetter 2002

Archaeoglobaceae bezeichnet eine Familie von Archaeen im Phylum Euryarchaeota.^[1] Alle bekannten Gattungen der Archaeoglobaceae sind hyperthermophil (extrem hitzeliebend) und kommen in der Nähe von Hydrothermalquellen im Meer vor. In der gegenwärtig akzeptieren Taxonomie sind die Archaeoglobaceae die einzige Familie in der Ordnung Archaeoglobales, die wiederum die einzige Ordnung in der Klasse Archaeoglobi ist.^[1][2] Metagenomik-Daten legen jedoch die Existenz weiterer Mitglieder in der Ordnung und der Klasse nahe.^[1][3]

Auch wenn sie alle phylogenetisch miteinander verwandt sind, unterscheiden sich die Gattungen der Archaeoglobaceae in Einzelheiten ihres Stoffwechsels. Die Archaeen der Gattung Archaeoglobus sind chemoorganotrophe und sulfatreduzierend. Sie sind die einzigen bekannten Vertreter der Archaeen, die über diese Art des Stoffwechsels verfügen (Stand 2005). Die Mitglieder der Gattung Ferroglobus sind hingegen chemolithotrophe Organismen und verbinden die Oxidation von Eisen mit der Reduktion von Nitrat. Die Vertreter der Gattung Geoglobus sind eisenreduzierende Archaeen, die Wasserstoffgas oder organische Verbindungen als Energiequelle nutzen.^[4]

Die hier angegebene Taxonomie basiert auf folgenden Quellen:

• (L) – List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN)^[2]
• (N) – National Center for Biotechnology Information (NCBI)^[1]
• (G) – Genome Taxonomy Database (GTDB).^[3]

Die unter Einbeziehung von Metagenomik-Daten erstellte GTDB teilt etliche der Gattungen und Spezies aus der herkömmlichen Systematik auf, einschließlich des Geoglobus-Stammes SBH6.

Referenzstämme sind durch ein hochgestelltes T (englisch type) gekennzeichnet, die Typ-Taxa sind fett wiedergegeben. Stand: Anfang März 2023.

Klasse Archaeoglobi Garrity & Holt 2002^(G,L,N)

• Ordnung Archaeoglobales Huber & Stetter 2002^(G,L,N)
  • Familie Archaeoglobaceae Huber & Stetter 2002^(G,L,N)
    • Gattung Archaeoglobus Stetter 1988^(G,L,N)

      In der GTDB sind einige der zugehörigen Arten abgespaltet und in neuen Gattungen mit den provisorischen Bezeichnungen Archaeoglobus_A, Archaeoglobus_B und Archaeoglobus_C untergebracht.^(G)

    • Gattung Ferroglobus Hafenbradl et al. 1997^(L,G,N)
      • Spezies Ferroglobus placidus Hafenbradl et al. 1997^(L,G,N)
        mit AEDII12DO^T(L,N) alias DSM:10642^T(L,G,N)
        – Fundort: Italien, Hydrothermalfeld vor Insel Vulcano^(N)
      • Spezies Ferroglobus sp015520115^(G)
        mit Ferroglobus sp. isolate S146_9^T(G,N)
        – Fundort: Pazifik, Brothers Volcano^[5]
    • Gattung Geoglobus Kashefi et al. 2002^(L,G,N)
      • Spezies Geoglobus acetivorans Slobodkina et al. 2009^(L,G,N) [Geoglobus sp. SBH6^(N)]
        mit SBH6^T(L,G,N) (ASM78925v1, SAMN03070125)^(G) alias DSM:21716^(N)
        – Fundort: Mittelatlantischer Rücken, Ashadze-Hydrothremalfeld^[6]
      • Spezies Geoglobus acetivorans_A^(G)
        mit SBH6:LDL_001^T(G) (ASM1516348v1, SAMN16077771, Probenname: LDL_001)
        – Fundort: Mittelatlantischer Rücken, Ashadze-Hydrothremalfeld^[6]
      • Spezies Geoglobus ahangari Kashefi et al. 2002^(L,G,N) [Hyperthermophile str. 234^(N)]
        mit 234^T(L,G,N) alias ATCC:BAA-425^T(L,N)
        – Fundort: Golf von Kalifornien, Guaymas-Becken^(N)
      • Spezies Geoglobus ahangari_A^(G)
        mit SpSt-97^T(G,N)
        – Fundort: Nevada, Great Boiling Spring^{[7][8][9](N)[10]}
    • Gattung „Candidatus Methanomixotrophus“ corrig. Liu et al. 2020^(L) [„Ca. Methanomixophus“ Liu et al. 2020^(L)]
      • Spezies „Ca. Methanomixotrophus dualis“ corrig. Liu et al. 2020^(L) [„Ca. Methanomixophus dualitatem“ Liu et al. 2020^(L)]
        mit WYZ-LMO1^T, kurz LMO1^T (und [WYZ-]LMO3)^[11]
        – Fundort: Yellowstone-Nationalpark, Washburn Hot Springs^[12][13] (bzw. Obsidian Pool)^[11]
      • Spezies „Ca. Methanomixotrophus hydrogenitrophicus“ corrig. Liu et al. 2020^(L) [„Ca. Methanomixotrophus hydrogenitrophicum“ Liu et al. 2020^(L)]
        mit Bin16^T[11]
        – Fundort: China, Jiangsu Erdölreservoir^[11]
    • Gattung „Candidatus Methanoproducendum“ Hua et al. 2019^[14]
      • Spezies „Ca. Methanoproducendum senex“ Hua et al. 2019
        mit GMQP bin_32^T[14]
        – Fundort: China, Tengchong, Heiße Quelle GuMingQuan^[14]
  • Familie JdFR-42^(G)
    • Gattung JdFR-42^(G)
      • Spezies JdFR-42 sp002010305^(G) [Archaeoglobi archaeon JdFR-42^(N)]
        mit JdFR-42^T(G,N)
        – Fundort: Pazifik, Fluide in der basaltischen Flanke des Juan-de-Fuca-Rückens^(N)
  • Mitglieder der Ordnung Archaeoglobales incertae sedis

    • Spezies Archaeoglobales archaeon ex4484_92^(N)
      mit ex4484_92^T(G,N) (GTDB:Failed Quality Check)
      – Fundort: Golf von Kalifornien, Guaymas Basin^(N)

• Ordnung JdFR-21^(G)
  • Familie JdFR-21^(G)
    • Gattung JdFR-21^(G)
      • Spezies JdFR-21 sp002011165^(G) [Euryarchaeota archaeon JdFR-21^(N)]
        mit JdFR-21^T(G,N)
        – Fundort: Pazifik, Bodenfluide des Juan-de-Fuca-Rückens^(N)

Anmerkungen:

※ – „Archaeoglobus species-group 2“

In eckigen Klammern ist vermerkt, in welchen Gattungen sich die Archaeoglobus-Arten nach dem in der GTDB vorgenommenen Split wiederfinden.

1. ↑ Die 16S-rRNA-Daten legen eine Zugehörigkeit von Archaeoglobus infectus zur Gattung mit der provisorischen Bezeichnung Archaeoglobus_A nahe, um Monophylie zu gewährleisten.

• H. Huber, Karl O. Stetter: Bergey's Manual of Systematic Bacteriology Volume 1: The Archaea and the deeply branching and phototrophic Bacteria. Hrsg.: D. R Boone, R. W. Castenholz. 2. Auflage. Springer Verlag, New York 2001, ISBN 978-0-387-98771-2, Family I. Archaeoglobaceae fam. nov. Stetter 1989, 2216, S. 169 (englisch, archive.org). 
• H. Huber, Karl O. Stetter: Bergey's Manual of Systematic Bacteriology Volume 1: The Archaea and the deeply branching and phototrophic Bacteria. Hrsg.: D. R. Boone, R. W. Castenholz. 2. Auflage. Springer Verlag, New York 2001, ISBN 978-0-387-98771-2, Order I. Archaeoglobales ord. nov., S. 169 (englisch, archive.org). 
• Karl O. Stetter: Bergey's Manual of Systematic Bacteriology. Hrsg.: J. T Staley, M.. P. Bryant, N. Pfennig, J.. G. Holt. 1. Auflage. Band 3. The Williams & Wilkins Co., Baltimore 1989, Group II. Archaeobacterial sulfate reducers. Order Archaeoglobales, S. 169 (englisch). 

• PubMed: Referenzen zu Archaeoglobaceae
• PubMed Central Referenzen zu Archaeoglobaceae
• Google Scholar Referenzen zu Archaeoglobaceae

• Sayers, Schoch et al.: Archaeoglobaceae. National Center for Biotechnology Information (NCBI) taxonomy database, abgerufen am 5. Juni 2021 (englisch). 
• Galina Slobodkina, Maxime Allioux, Alexander Merkel, Marie-Anne Cambon-Bonavita, Karine Alain, Mohamed Jebbar, Alexander Slobodkin: Physiological and Genomic Characterization of a Hyperthermophilic Archaeon Archaeoglobus neptunius sp. nov. Isolated From a Deep-Sea Hydrothermal Vent Warrants the Reclassification of the Genus. In: Frontiers in Microbiology, Sektion Extreme Microbiology, Band 12; 16. Juli 2021; doi:10.3389/fmicb.2021.679245, ResearchGate:353294464 (englisch).
• Archaeoglobaceae, auf: Species2000
• MicrobeWiki: Suche: Archaeoglobaceae. Kenyon College, Department of Biology
• J. P. Euzéby: Archaeoglobaceae. List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN), abgerufen am 17. November 2021. 
• Archaeoglobaceae, auf Lifemap NCBI Version
• Archaeoglobi, auf OneZoom
• Archaeoglobaceae, auf LifeGate

1. ↑ ^{a b c d} Sayers, Schoch et al.: Archaeoglobaceae. National Center for Biotechnology Information (NCBI) Taxonomy database, abgerufen am 5. Juni 2021 (englisch). 
2. ↑ ^{a b} J. P. Euzéby: Archaeoglobaceae. List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN), abgerufen am 17. November 2021. 
3. ↑ ^{a b} Archeoglobi (class). In: Genome Taxonomy Database. Abgerufen am 20. Juni 2022 (englisch). 
4. ↑ M. T. Madigan, J. T. Martinko: Brock Biology of Microorganisms. 11th Auflage. Pearson Prentice Hall, 2005 (englisch). 
5. ↑ Sayers, Schoch et al.: MAG: Ferroglobus sp. isolate S146_96,… National Center for Biotechnology Information (NCBI) Nucleotide, abgerufen am 5. März 2023 (englisch).  Die angegebenen Koordinaten zeigen auf den Brothers Volcano im Pazifik.
6. ↑ ^{a b} Andrey V. Mardanov, Galina B. Slododkina, Alexander I. Slobodkin, Alexey V. Beletsky, Sergey N. Gavrilov, Ilya V. Kublanov, Elizaveta A. Bonch-Osmolovskaya, Konstantin G. Skryabin, Nikolai V. Ravin: The Geoglobus acetivorans Genome: Fe(III) Reduction, Acetate Utilization, Autotrophic Growth, and Degradation of Aromatic Compounds in a Hyperthermophilic Archaeon. In: ASM Journals: Applied and Environmental Microbiology, Band 81, Nr. 3, 13. Januar 2015; doi:10.1128/AEM.02705-14, PMID 25416759, PMC  (freier Volltext, PDF), Epub 21. November 2014.
7. ↑ Great Boiling Spring. Auf: blackrockdesert.org (englisch).
8. ↑ Kyle C. Costa, Jason B. Navarro, Everett L. Shock, Chuanlun L. Zhang, Debbie Soukup & Brian P. Hedlund: Microbiology and geochemistry of great boiling and mud hot springs in the United States Great Basin. In: Extremophiles, Band 13, S. 447–459, 27. Februar 2009; doi:10.1007/s00792-009-0230-x (englisch).
9. ↑ Jessica K. Cole, Joseph P. Peacock, Jeremy A. Dodsworth, Amanda J. Williams, Daniel B. Thompson, Hailiang Dong, Geng Wu, Brian P. Hedlund: Sediment microbial communities in Great Boiling Spring are controlled by temperature and distinct from water communities. In: Nature, The ISME Journal, Microbial Population and Community Ecology, Band 7, S. 718–729, 13. Dezember 2012; doi:10.1038/ismej.2012.157, PDF (englisch).
10. ↑ Sayers, Schoch et al.: SAMN09640124; Sample name: Uncultivated Geoglobus ahangari SpSt-97. National Center for Biotechnology Information (NCBI) BioSample, abgerufen am 5. März 2023 (englisch). 
11. ↑ ^{a b c d} Yi-Fan Liu, Jing Chen, Livia S. Zaramela, Li-Ying Wang, Serge Maurice Mbadinga, Zhao-Wei Hou, Xiao-Lin Wu, Ji-Dong Gu, Karsten Zengler, Bo-Zhong Mu: Genomic and Transcriptomic Evidence Supports Methane Metabolism in Archaeoglobi. In: ASM Journals: mSystems, Band 5, Nr. 2, 17. März 2020; doi:10.1128/mSystems.00651, PMC 7380581 (freier Volltext), PMID 32184369.
12. ↑ Washburn Hot Springs. Auf Mapcarta (de).
13. ↑ Washburn Hot Springs. Topographische Karte auf Natural Atlas.
14. ↑ ^{a b c} Zheng-Shuang Hua, Yu-Lin Wang, Paul N. Evans, Yan-Ni Qu, Kian Mau Goh, Yang-Zhi Rao, Yan-Ling Qi, Yu-Xian Li, Min-Jun Huang, Jian-Yu Jiao, Ya-Ting Chen, Yan-Ping Mao, Wen-Sheng Shu, Wael Hozzein, Brian P. Hedlund, Gene W. Tyson, Tong Zhang, Wen-Jun Li: Insights into the ecological roles and evolution of methyl-coenzyme M reductase-containing hot spring Archaea. In: Nature Communications, Band 10, Nr. 4574, 8. Oktober 2019; doi:10.1038/s41467-019-12574-y, PMID 31594929, PMC 6783470 (freier Volltext).
15. ↑ The LTP. Abgerufen am 10. Mai 2023 (englisch).  „The All-Species Living Tree“. Dazu:
    • Tree: LTP_all_06_2022.ntree, Newick-Format
    • Release Notes: LTP_06_2022 Release Notes. Abgerufen am 10. Mai 2023 (englisch). 
16. ↑ GTDB release 08-RS214. In: Genome Taxonomy Database. Abgerufen am 10. Mai 2023 (englisch).  Dazu:
    • Tree: ar53_r214.sp_label, Newick-Format
    • Historie: Taxon History. In: Genome Taxonomy Database. Abgerufen am 10. Mai 2023 (englisch).