Alphacoronavirus

Alphacoronavirus

Coronavirus humain.

Classification ICTV
Realm	Riboviria
Règne	Orthornavirae
Embranchement	Pisuviricota
Classe	Pisoniviricetes
Ordre	Nidovirales
Sous-ordre	Cornidovirineae
Famille	Coronaviridae
Sous-famille	Orthocoronavirinae

Genre

Alphacoronavirus
ICTV 2009^[1]

Sous-genres de rang inférieur

Colacovirus
Decacovirus
Duvinacovirus
Luchacovirus
Minacovirus
Minunacovirus
Myotacovirus
Nyctacovirus
Pedacovirus
Rhinacovirus
Setracovirus
Tegacovirus

Alphacoronavirus (ou α-coronavirus, Alpha-CoV) est l'un des quatre genres connus de coronavirus. Il est classé dans la sous-famille des Orthocoronavirinae, la famille des Coronaviridae et l'ordre des Nidovirales. Il regroupe des virus à ARN simple brin enveloppés, de sens positif, d'origine zoonotique.

Dans cette sous-famille, les virus ont des virions sphériques avec des projections de surface en forme de club et une coquille centrale. Le nom vient du latin corona, qui signifie couronne, qui décrit l'apparence des projections vues en microscopie électronique, et qui ressemblent à une couronne solaire. Ce genre contient ce qui était auparavant considéré comme des coronavirus du phylogroupe 1.

Les genres Alphacoronavirus et Betacoronavirus ont des lignées qui descendent du pool génétique des chauves-souris^[2].

Virologie

Les espèces d’Alphacoronavirus infectent principalement les Chauves-souris, mais également d'autres espèces de Mammifères comme l'Homme, le Porc, le Rat, des Mustelidés, des Musaraignes. Les espèces d’Alphacoronavirus humains (HCoV-229E et HCoV-NL63) sont des agents du rhume commun.

Génome

Les coronavirus ont un génome ARN de grande taille qui varie de 26 à 32 kilobases.

Classification

Le genre Alphacoronavirus de la sous-famille des Orthocoronavirinae de la famille des Coronaviridae comprend 14 sous-genres reconnus par l'International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV)^[3]^,^[4]:

Genre Alphacoronavirus
- Sous-genre Colacovirus
  - Bat coronavirus CDPHE15
- Sous-genre Decacovirus
  - Bat coronavirus HKU10
  - Rhinolophus ferrumequinum alphacoronavirus HuB-2013
- Sous-genre Duvinacovirus
  - Human coronavirus 229E (HCoV-229E)
- Sous-genre Luchacovirus
  - Lucheng Rn rat coronavirus
- Sous-genre Minacovirus
  - Ferret coronavirus
  - Mink coronavirus 1
- Sous-genre Minunacovirus
  - Miniopterus bat coronavirus 1
  - Miniopterus bat coronavirus HKU8
- Sous-genre Myotacovirus
  - Myotis ricketti alphacoronavirus Sax-2011
- Sous-genre Nyctacovirus
  - Nyctalus velutinus alphacoronavirus SC-2013
- Sous-genre Pedacovirus
  - Porcine epidemic diarrhea virus (Virus de la diarrhée épidémique porcine, PEDV)
  - Scotophilus bat coronavirus 512
- Sous-genre Rhinacovirus
  - Rhinolophus bat coronavirus HKU2
    - SADS-CoV (Coronavirus du syndrome de la diarrhée aiguë porcine)
- Sous-genre Setracovirus
  - Human coronavirus NL63 (HCoV-NL63)
  - NL63-related bat coronavirus strain BtKYNL63-9b
- Sous-genre Soracovirus
  - Sorex araneus coronavirus T14
- Sous-genre Sunacovirus
  - Suncus murinus coronavirus X74
- Sous-genre Tegacovirus
  - Alphacoronavirus 1
    - Coronavirus de la gastro-entérite transmissible porcine (TGEV, porc)
    - Coronavirus canin
    - Coronavirus félin

Références

↑ ICTV. International Committee on Taxonomy of Viruses. Taxonomy history. Published on the Internet https://talk.ictvonline.org/., consulté le 24 janvier 2021
↑ (en) « Isolation and Characterization of a Novel Betacoronavirus Subgroup A Coronavirus, Rabbit Coronavirus HKU14, from Domestic Rabbits », sur US National Library of Medicine (consulté le 18 mars 2020).
↑ (en) « International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV) », sur talk.ictvonline.org (consulté le 31 janvier 2020)
↑ (en) The Coronavirus ICTV Study Group, « Revision of the family Coronaviridae », sur ICTV online

Référence biologique

(en) Référence ICTV : Alphacoronavirus (consulté le 24 janvier 2021)

v · m

Coronaviridae (famille des coronavirus)

Ordre : Nidovirales

Alphaletovirus (en)

Milecovirus	Alphaletovirus microhylae

Alphacoronavirus

Amalacovirus	Alphacoronavirus almalfi
Colacovirus	Alphacoronavirus myotis
Decacovirus	Alphacoronavirus australiense Alphacoronavirus ferrumequini (en) Alphacoronavirus hipposideri Alphacoronavirus rousetti (en)
Duvinacovirus	Alphacoronavirus chicagoense
Luchacovirus	Alphacoronavirus ratti
Minacovirus	Alphacoronavirus neovisontis
Minunacovirus	Alphacoronavirus miniopteri (en) Alphacoronavirus pusilli (en)
Myotacovirus	Alphacoronavirus ricketti
Nyctacovirus	Alphacoronavirus chalinolobi Alphacoronavirus nyctali (en) Alphacoronavirus pipistrelli (en) Alphacoronavirus tylonycteridis
Pedacovirus	Alphacoronavirus finnoniense Alphacoronavirus gouldii Alphacoronavirus porci Alphacoronavirus scotophili (en)
Rhinacovirus	Alphacoronavirus rhinolophi (en) coronavirus du syndrome de la diarrhée aiguë porcine (SADS-CoV)
Setracovirus	Alphacoronavirus amsterdamense Alphacoronavirus triaenopis
Soracovirus	Alphacoronavirus soricis
Sunacovirus	Alphacoronavirus sunci
Tegacovirus	Alphacoronavirus suis coronavirus félin (FCoV) coronavirus canin (CCoV) coronavirus de la gastro-entérite transmissible porcine (TGEV)

Betacoronavirus

Embecovirus	Betacoronavirus gravedinis coronavirus bovin (BCoV) coronavirus humain OC43 (HCoV-OC43) Betacoronavirus hongkongense Betacoronavirus muris coronavirus du rat (en) Betacoronavirus myodae Betacoronavirus ratti
Hibecovirus	Betacoronavirus hipposideri
Merbecovirus	Betacoronavirus cameli Betacoronavirus erinacei Betacoronavirus pipistrelli Betacoronavirus tylonycteridis
Nobecovirus	Betacoronavirus cororeum Betacoronavirus eidoli Betacoronavirus rousetti
Sarbecovirus	Betacoronavirus pandemicum SARS-CoV SARS-CoV-2 variants BANAL-52 coronavirus de chauve-souris WIV1 lié au SRAS (Bat SL-CoV-WIV1) RaTG13 RmYN02 SHC014-CoV

Deltacoronavirus

Andecovirus	Deltacoronavirus marecae
Buldecovirus	Deltacoronavirus gallinulae Deltacoronavirus lonchurae Deltacoronavirus pycnonoti Deltacoronavirus suis Deltacoronavirus zosteropis
Herdecovirus	Deltacoronavirus nycticoracis

Gammacoronavirus

Brangacovirus	Gammacoronavirus brantae
Cegacovirus	Gammacoronavirus delphinapteri
Igacovirus	Gammacoronavirus anatis Gammacoronavirus galli Gammacoronavirus pulli (en)