Il 15 marzo 2021 viene nominato nuovo allenatore della Dinamo Zagabria in sostituzione di Zoran Mamić, quest'ultimo condannato per frode fiscale.[1] Il 19 marzo, alla prima partita dal nuovo incarico, ha guidato i Modri ad una delle più grandi imprese della storia recente del club, battendo nella partita di ritorno degli ottavi di finale di Europa League per 3 a 0 il Tottenham e ottenendo così la qualificazione ai quarti di finale.[2] Il 1º dicembre annuncia la sue dimissioni in seguito alla sconfitta interna contro il Rijeka (1-3) in occasione dei quarti di finale di Coppa di Croazia.[3] Il 16 agosto 2022 prende le redini del Maribor firmando un contratto valido fino a giugno 2024.[4]
Statistiche
Statistiche da allenatore
Club
Statistiche aggiornate all'8 novembre 2021. In grassetto le competizioni vinte.
^(HR) Zoran Mamić više nije trener Dinama! Hrvatski prvak objavio i ime nasljednika [Zoran Mamić non è più allenatore della Dinamo! Il campione croato ha già annunciato il nome del successore], su tportal.hr, 15 marzo 2021. URL consultato il 19 marzo 2021.
^Dinamo Zagabria, L'impresa di Damir Krznar: L'allenatore per caso che ha eliminato Mourinho, su eurosport.it, 19 marzo 2021.
^(HR) IZJAVA TRENERA DAMIRA KRZNARA NAKON UTAKMICE PROTIV RIJEKE [La dichiarazione dell'allenatore Damir Krznar dopo la partita contro il Rijeka], su gnkdinamo.hr, 1º dicembre 2021. URL consultato il 3 dicembre 2021.
^(SL) DAMIR KRZNAR NA VIJOLIČASTI KLOPI DO 2024 [Damir Krznar sulla panchina viola fino al 2024], su nkmaribor.com, 1º dicembre 2021. URL consultato il 7 novembre 2022.