De Nigeriaanse presidentsverkiezingen van 1999 vonden op 27 februari plaats en werden gewonnen door Olusegun Obasanjo van de Peoples Democratic Party (PDP). De verkiezingen van 1999 waren de eerste verkiezingen sinds de staatsgreep van 1993.
De parlementsverkiezingen van 1999 vonden daags voor de presidentsverkiezingen plaats, op 20 februari.