| Bałtyk Gdynia w Pucharze Polski |
| Sezon | Runda | Przeciwnik | Wynik |
| 1961/62 | II run. | Wyzwolenie Chorzów - Bałtyk Gdynia | 3:1 |
| 1962/63 | I run. | Radar Bemowo Piskie - Bałtyk Gdynia | 1:5 |
| II run. | Bałtyk Gdynia - Garbarnia Kraków | 0:1 |
| 1970/71 | I run. | Bałtyk Gdynia - Olimpia Poznań | 2:1 dogr. |
| 1/16 | Bałtyk Gdynia - GKS Katowice | 0:0, k - 8:9 |
| 1971/72 | I run. | Bałtyk Gdynia - Zawisza Bydgoszcz | 1:2 |
| 1974/75 | I run. | Czarni Słupsk - Bałtyk Gdynia | 1:4 |
| 1/16 | Bałtyk Gdynia - Lech Poznań | 0:1 |
| 1977/78 | I run. | Bałtyk Gdynia - Urania Ruda Śląska | 1:0 |
| II run. | Farmacja Tarchomin - Bałtyk Gdynia | 1:4 |
| 1/16 | Bałtyk Gdynia - Pogoń Szczecin | 3:0 |
| 1/8 | Bałtyk Gdynia - Wisła Kraków | 1:2 |
| 1978/79 | II run. | Lech Rypin - Bałtyk Gdynia | 1:3 |
| III run. | Stomil Olsztyn - Bałtyk Gdynia | 0:0, k - 6:5 |
| 1979/80 | II run. | Admira Poznań - Bałtyk Gdynia | 1:1, k - 5:4 |
| 1980/81 | II run. | ZWAR Przasnysz - Bałtyk Gdynia | 0:0, k - 3:4 |
| III run. | Błękitni Kielce - Bałtyk Gdynia | 2:2, k - 5:4 |
| 1981/82 | 1/16 | Gwardia Szczytno - Bałtyk Gdynia | 1:0 |
| 1982/83 | 1/16 | Urania Ruda Śląska - Bałtyk Gdynia | 1:4 |
| 1/8 | Bałtyk Gdynia - Piast Gliwice | 1:2 |
| 1983/84 | 1/16 | Arkonia Szczecin - Bałtyk Gdynia | 0:1 |
| 1/8 | Ruch Chorzów - Bałtyk Gdynia | 1:0 |
| 1984/85 | 1/16 | Stal Stocznia Szczecin - Bałtyk Gdynia | 1:1, k - 2:4 |
| 1/8 | Śląsk Wrocław - Bałtyk Gdynia | 1:1, k - 3:5 |
| 1/4 | ŁKS Łódź - Bałtyk Gdynia | 1:1, 0:1 |
| 1/2 | GKS Katowice - Bałtyk Gdynia | 0:1, 2:1 |
| 1985/86 | 1/16 | Błękitni Stargard Szczeciński - Bałtyk Gdynia | 3:2 |
| 1986/87 | 1/16 | Broń Radom - Bałtyk Gdynia | 0:2 |
| 1/8 | Bałtyk Gdynia - Śląsk Wrocław | 1:2 |
| 1987/88 | II run. | Gryf Słupsk - Bałtyk Gdynia | 0:1 |
| III run. | Polonia Bydgoszcz - Bałtyk Gdynia | 2:1 |
| 1988/89 | 1/16 | Olimpia Elbląg - Bałtyk Gdynia | 1:1, k - 5:6 |
| 1/8 | Bałtyk Gdynia - Lech Poznań | 2:1 |
| 1/4 | Jagiellonia Białystok - Bałtyk Gdynia | 0:0, 1:1 |
| 1989/90 | II run. | Wisła Tczew - Bałtyk Gdynia | 1:0 |
| 1990/91 | III run. | Wisła Płock - Bałtyk Gdynia | 3:2 |
| 1992/93 | II run. | Eden Rogów - Bałtyk Gdynia | 0:4 |
| III run. | Bałtyk Gdynia - Pogoń Szczecin | 1:2 |
| 1993/94 | II run. | Orlęta Reszel - Bałtyk Gdynia | 0:1 |
| III run. | Jagiellonka Nieszawa - Bałtyk Gdynia | 1:1, k - 3:2 |
| 1994/95 | II run. | Mień Lipno - Bałtyk Gdynia | 2:3 |
| III run. | Wierzyca Starogard Gdański - Bałtyk Gdynia | 0:1 |
| 1/16 | Siarka Tarnobrzeg - Bałtyk Gdynia | 0:1 |
| 1/8 | Stal Mielec - Bałtyk Gdynia | 4:0 |
| 1995/96 | II run. | Brda Bydgoszcz - Bałtyk Gdynia | 1:3 |
| III run. | Arka Gdynia - Bałtyk Gdynia | 3:0 |
| 1996/97 | II run. | Bałtyk Gdynia - Varta Namysłów | 0:2 |
| 1999/00 | I run. | Bałtyk Gdynia - Chemik Bydgoszcz | 1:0 |
| II run. | Pomorzanin Toruń - Bałtyk Gdynia | 0:3 |
| III run. | Bałtyk Gdynia - KP Konin | 2:3 dogr. |
| 2010/11 | run. przedwst. | MKS Korsze - Bałtyk Gdynia | 1:4 |
| run. wst. | Bałtyk Gdynia - OKS 1945 Olsztyn | 0:2 |
| 2011/12 | run. przedwst. | Huragan Morąg - Bałtyk Gdynia | 3:3, k - 5:3 |
| 2012/13 | run. przedwst. | Bałtyk Gdynia - Bytovia Bytów | 2:0 |
| run. wst. | Kotwica Kołobrzeg - Bałtyk Gdynia | 0:0, k - 5:4 |
| 2022/23 | I run. | Bałtyk Gdynia - Olimpia Elbląg | 0:3 |
