O Pacajus Esporte Clube foi fundado em 17 de junho de 2017 e teve sua inscrição na Série C do Campeonato Cearense oficializada em 21 de julho.[6] Sob a presidência de Expedito Neto,[7] o clube adotou o índio paiacu como mascote[8] e as cores verde, amarela e grená, em representação à bandeira da cidade.[6] Em 1.º de agosto, ocorreu no Estádio Municipal João Ronaldo Matias, em Pacajus, inaugurado no mesmo ano,[2] a apresentação à comissão técnica, à diretoria e à imprensa local dos 24 jogadores que defenderiam o time, em que estavam mesclados atletas da cidade e conhecidos do futebol do Nordeste brasileiro, treinados por André Pascoal.[6] O primeiro jogo do Pacajus, um amistoso com o Fortaleza, foi disputado em 5 de agosto no Estádio Alcides Santos, na capital cearense, e terminou com o placar de 3–1 para a equipe mandante. A estreia na terceira divisão do campeonato estadual aconteceu em 6 de outubro, quando o time recebeu o Itapajé em Horizonte, no Domingão — onde mandava na época enquanto o João Ronaldo estava sendo reformado —, e aplicou-lhe goleada de 6–1.[6]
O Pacajus classificou-se para a Série B do Cearense de 2018,[9] chegando à segunda fase mas não conseguindo o acesso à primeira divisão.[8] No mesmo ano, participou da Taça Fares Lopes, sendo eliminado pelo Iguatu e terminando em quinto lugar após duas vitórias e dois empates na competição.[8][10] Em 2019, ano em que Cristiano Cortez assumiu sua presidência,[11] foi vice-campeão da segunda divisão do estadual em partida contra o Caucaia, que venceu por 3–0, subindo à Série A de 2020.[8][12][13] Na Fares Lopes de 2020 saiu da competição na quinta colocação, tendo perdido todos os jogos antes do último, que venceu, contra o Campo Grande.[14]
Em 2021 o Pacajus recebeu seu primeiro título oficial, a Taça Padre Cícero, por ter realizado a melhor campanha de um time do interior do Ceará na primeira divisão do estadual, tendo terminado em quinto lugar. O título assegurou uma vaga na Série D do Brasileirão de 2022,[15] no qual, na segunda fase, empatando em partidas dentro e fora de casa, por 1–1 e 0–0, respectivamente, foi eliminado pelo Rio Branco nas penalidades, por 5–4, saindo com cinco vitórias, sete empates e quatro derrotas.[16] No mesmo ano, ao terminar a primeira fase do Cearense em terceiro, disputou as quartas de final com o Fortaleza, que o eliminou em jogos de ida, por 1–0, e volta, por 0–5,[17] e foi campeão da Fares Lopes ao vencer o Guarany de Sobral por 1–0, em casa, conseguindo uma vaga na Copa do Brasil de 2023.[18] O atacante Jeam foi o artilheiro da competição, tendo marcado quatro gols para a equipe treinada por Cleiton Cearense.[19][18] Posteriormente, no entanto, a Confederação Brasileira de Futebol enviou um ofício à Federação Cearense de Futebol informando que o torneio não havia sido realizado sob os critérios estabelecidos pela entidade, uma vez que três clubes da Série A do Campeonato Cearense participaram dos jogos, quando no mínimo quatro deveriam estar presentes. A vaga do Pacajus foi transferida para o Iguatu, melhor colocado da competição estadual além dos que estavam previamente classificados.[20]
Em 2023, com baixo desempenho na primeira fase do estadual, o Pacajus ficou em terceiro lugar no quadrangular do rebaixamento, caindo para a Série B com o Guarani de Juazeiro, no qual aplicou uma goleada de 7–0 na última rodada.[21] Na primeira fase da Série D do Brasileirão, o clube terminou na quarta colocação de seu grupo com 22 pontos,[22] e na segunda, enfrentou o Retrô, que o eliminou ganhando com o placar de 2–1 tanto na partida de ida como na de volta.[23] Na Fares Lopes garantiu quatro pontos na fase de grupos, onde goleou o Guarani de Juazeiro por 12–0,[24] encerrando-a em segundo,[25] e nas semifinais, obteve vantagem sobre o Ferroviário no jogo de ida, em casa, por 2–0, mas sofreu uma virada por 5–1 na volta, em Fortaleza.[26]
Na Série B estadual de 2024 o Pacajus empatou cinco partidas e perdeu três, ficando em nono e último lugar na tabela e sendo rebaixado para a terceira divisão.[27]
↑«RNC - RANKING NACIONAL DOS CLUBES 2024» (PDF). CBF
↑ abcdMello, Sérgio (25 de outubro de 2017). «Pacajus Esporte Clube – Pacajus (CE): Debutante no Estadual da 3ª Divisão do Ceará de 2017». História do Futebol
↑«PACAJUS». Federação Cearense de Futebol. Cópia arquivada em 3 de setembro de 2017
↑ abcdArruda, Diego (17 de junho de 2020). «Com ascensão meteórica no futebol cearense, Pacajus celebra 3 anos de história». Futebol Cearense
↑Carvalho, Beatriz (30 de março de 2018). «Com Guarasol e Icasa como favoritos, Série B do Campeonato Cearense começa». Ge
↑Braga, Lauriberto Carneiro (6 de outubro de 2018). «Iguatu elimina Pacajus e invicto decide vaga na final da Fares Lopes 2018 contra Caucaia». Blog do Lauriberto
↑França, Daniel (14 de abril de 2023). «Cristiano Cortez é o homenageado do Campeonato Cearense Série B 2023». Federação Cearense de Futebol
↑«Pacajus e Caucaia fazem final inédita da Série B do Cearense e disputarão Série A em 2020». Ge. 16 de junho de 2019. Consultado em 20 de junho de 2019
↑«Com brilho de Ciel, Caucaia vence o Pacajus por 3 a 0 e se sagra campeão da Série B cearense». Ge. 20 de junho de 2019
↑«Copa Fares Lopes de 2020 tem semifinais definidas; veja confrontos». Ge. 28 de janeiro de 2021
↑«Com a melhor campanha do interior, Pacajus conquista a Taça Padre Cícero». Futebol Cearense. 17 de maio de 2021
↑«Nos pênaltis, Pacajus é eliminado do Brasileiro Série D». Federação Cearense de Futebol. 31 de julho de 2022
↑Chaves, Lincoln (2 de março de 2022). «Fortaleza atropela Pacajus e vai à semifinal do Campeonato Cearense». Agência Brasil
↑ ab«SÓ NO FI! Pacajus conquista Copa Fares Lopes e garante vaga na Copa do Brasil». Futebol Interior. 12 de novembro de 2022
↑«TAÇA FARES LOPES 2022». Federação Cearense de Futebol
↑Mairton, Pedro (27 de dezembro de 2022). «CBF retira vaga de Pacajus na Copa do Brasil e concede ao Iguatu; entenda». O Povo
↑«CEARENSE: Já rebaixados, Pacajus goleia Guarani por 7 a 0; Caucaia termina 'líder"». Futebol Interior. 10 de março de 2023
↑França, Daniel (23 de julho de 2023). «FC Atlético, Ferroviário e Pacajus estão classificados para a 2ª Fase do Brasileiro Série D». Federação Cearense de Futebol
↑«Retrô-PE 2 x 1 Pacajus-CE - De virada, Fênix 'repete' placar e está nas oitavas da Série D». Futebol Interior. 6 de agosto de 2023
↑«Taça Fares Lopes: Pacajus goleia Guarani de Juazeiro por 12 a 0». Diário do Nordeste. 26 de julho de 2023
↑«TAÇA FARES LOPES 2023». Federação Cearense de Futebol
↑Silva, Lucas (16 de agosto de 2023). «Ferroviário aplica virada histórica, goleia Pacajus e garante vaga na final da Fares Lopes». O Povo
↑«FCF divulga tabela detalhada da Segunda Fase da Série B do Cearense; confira». Diário do Nordeste. 1 de abril de 2024
↑«Atletas, Jogos e Estatísticas de Pacajus - CE - Campeonato Brasileiro de Futebol Série D 2023». Confederação Brasileira de Futebol