De deltagande förbunden hade fram till den 15 maj 2006 att bekräfta sina preliminära spelartrupper till mästerskapet. Av dessa 23 skulle minst tre vara målvakter. En spelare från den preliminära listan fick ersättas senast 24 timmar före lagets första match i turneringen om skada kunde bevisas.
^Borja gick till Olympiakos efter turneringen. ”Olympiacos sign Ecuador striker”. uefa.com. 1 maj 2006. http://www.uefa.com/footballeurope/news/Kind=2/newsId=417936.html. Läst 10 februari 2012.
^Valencia var på lån i Recreativo Huelva under upptakten till turneringen. ”Luis Valencia”. Official FIFA World Cup website. Arkiverad från originalet den 18 juni 2006. https://web.archive.org/web/20060618090441/http://fifaworldcup.yahoo.com/06/en/w/player/202544_VALENCIA_Luis.html. Läst 10 februari 2012.
^Reasco var klar för São Paulo och gick till dem efter turneringen. ”Neicer Reasco”. Official FIFA World Cup website. Arkiverad från originalet den 18 juni 2006. https://web.archive.org/web/20060618090404/http://fifaworldcup.yahoo.com/06/en/w/player/178841_REASCO_Neicer.html. Läst 10 februari 2012.
^Kosowski var på lån i Southampton under upptakten till turneringen. Han blev free agent efter turneringen. ”Kosowski wants last farewell”. football.co.uk. 25 april 2006. Arkiverad från originalet den 12 maj 2006. https://web.archive.org/web/20060512215437/http://www.football.co.uk/southampton/kosowski_wants_last_farewell_226556.shtml. Läst 18 juni 2006.
^Krzynówek gick till Wolfsburg efter turneringen. ”Leverkusen capture Swiss starlet”. uefa.com. 16 maj 2006. http://www.uefa.com/footballeurope/news/Kind=2/newsId=422041.html. Läst 21 juni 2006.
^Rasiak var under upptakten till VM på lån i Southampton och gick till klubben permanent efter turneringen. ”Poland looking to add extra polish”. uefa.com. 2 maj 2006. http://www.uefa.com/competitions/WorldCup/news/Kind=1/newsId=418166.html. Läst 21 juni 2006.
^Żewłakow gick till Olympiakos efter turneringen. ”Iuliano returns to Italy”. uefa.com. 30 januari 2006. http://www.uefa.com/footballeurope/news/Kind=2/newsId=390051.html. Läst 21 juni 2006.
^Bosacki blev uttagen efter att Damian Gorawski blivit skadad. ”Injuries spell late squad changes”. Official FIFA World Cup website. 8 juni 2006. Arkiverad från originalet den 28 juni 2006. https://web.archive.org/web/20060628233920/http://fifaworldcup.yahoo.com/06/en/060608/1/76z7.html. Läst 21 juni 2006.
^Ballack gick till Chelsea när hans kontrakt med Bayern München tog slut den 1 juli. ”Ballack cheered by Chelsea challenge”. uefa.com. 15 maj 2006. http://www.uefa.com/footballeurope/news/Kind=2/newsId=421515.html. Läst 18 juni 2006.
^FC Köln ordförande Wolfgang Overath bekräftade att Podolski kommer spela för Bayern München nästkommande säsong. ”Podolski ready to join Bayern”. uefa.com. 1 juni 2006. http://www.uefa.com/footballeurope/news/Kind=2/newsId=426637.html. Läst 18 juni 2006.
^Bridge var på lån i Fulham under upptakten till turneringen. ”Nélson fit for Mersey mission”. uefa.com. 2 mars 2006. http://www.uefa.com/footballeurope/news/Kind=2/newsId=400057.html. Läst 21 juni 2006.
^Carson var under upptakten till turneringen på lån i Sheffield Wednesday. ”Scott Carson, Liverpool”. The Football Association official website. Arkiverad från originalet den 9 juli 2008. https://web.archive.org/web/20080709025959/http://www.thefa.com/England/SeniorTeam/Players/Postings/2005/05/ScottCarson_profile.htm. Läst 21 juni 2006.
^Salvador Cabañas gick till Club América efter turneringen. ”América returns to Houston”. Chron.com. 8 juni 2006. http://www.chron.com/disp/story.mpl/sports/soc/3949034.html. Läst 21 juni 2006.
^Carlos Paredes gick till Sporting CP efter turneringen.
^Nelson Valdez gick till Borussia Dortmund efter turneringen. ”Valdez delighted with Dortmund move”. uefa.com. 30 maj 2006. http://www.uefa.com/footballeurope/news/Kind=2/newsId=426109.html. Läst 21 juni 2006.
^Larsson hade en överkommelse med Helsingborg och gick till dem efter turneringen. ”Larsson looks to bow out in style”. uefa.com. 16 maj 2006. http://www.uefa.com/competitions/UCL/news/Kind=1/newsId=421803.html. Läst 21 juni 2006.
^Svensson gick till Rangers efter turneringen. ”Rangers move delights Svensson”. uefa.com. 26 maj 2006. http://www.uefa.com/footballeurope/news/Kind=2/newsId=425155.html. Läst 21 juni 2006.
^Källström gick till Lyon efter turneringen. ”Lyon land Swede Källström”. uefa.com. 27 maj 2006. http://www.uefa.com/footballeurope/news/Kind=2/newsId=425196.html. Läst 21 juni 2006.
^Wrexham är ett lag från Wales som spelar i det engelska ligasystemet.
^Saviola var på lån i Sevilla under upptakten till turneringen.
^Scaloni var på lån i West Ham United under upptakten till turneringen.
^”Petković quits in World Cup row”. UEFA.com (Union of European Football Associations). 6 juni 2006. Arkiverad från originalet den 10 juli 2012. https://archive.today/20120710064555/http://en.archive.uefa.com/competitions/WorldCup/news/Kind=1/newsId=427827.html. Läst 28 april 2011. ”Dušan Petković has withdrawn from Serbia and Montenegro's FIFA World Cup squad following accusations he was only called up due to nepotism. The 31-year-old OFK Beograd defender was drafted in as a replacement for injured striker Mirko Vučinić by coach Ilija Petković, who is also the player's father. However, he did not fly to Germany with the squad, saying 'The pressure was too much for me, my father and my team-mates.'”
^Since Petković quit, Serbia and Montenegro national team is the only 2006 World Cup team to have only 22 players on the squad.
^Vukić var under upptakten till turneringen på lån i Partizan
^Ljuboja var under upptakten till turneringen på lån i Stuttgart och gick till Stuttgart permanent efter turneringen.
^”Confusion over Pfister comeback”. BBC Sport (British Broadcasting Corporation). 12 juni 2006. http://news.bbc.co.uk/sport1/hi/football/world_cup_2006/teams/togo/5072730.stm. Läst 28 april 2011. Tvister över Togospelarnas lönbonusar orsakade att Pfister gick ut efter Togos första match, men han återvände inför den andra matchen.
^Akoto har inte spelat för Admira Wacker sedan slutet av 2005 på grund av ett kontraktsbråk och under upptakten till turneringen tränade han med den österrikiska klubben Schwechat.