Şamahı Guberniyası (Rusça: Шемахинская губерния), bir Rus İmparatorluğu guberniyası. Merkezi Şamahı olan guberniya 1846 yılında kurulmuştur. 1859 yılında merkez Şamahı'da olan depremin ardından 12 Temmuz 1859 tarihinde merkez Bakü'ye taşınmış ve guberniyanın adı Bakü Guberniyası olarak değiştirilmiştir. Böylece Şamahı Guberniyası kaldırılmıştır. Şamahı Guberniyası bulunduğu dönemde Şamahı, Şuşa, Nuha (Şaki), Bakü ve Lenkeran kazalarından oluşmuştur.