Аполіпопротеїн B |
---|
|
Ідентифікатори |
---|
Символи | APOB, FLDB, LDLCQ4, apoB-100, apoB-48, apolipoprotein B, FCHL2 |
---|
Зовнішні ІД | OMIM: 107730 MGI: 88052 HomoloGene: 328 GeneCards: APOB |
---|
|
Пов'язані генетичні захворювання |
---|
метаболічні захворювання, серцево-судинні захворювання, lipid metabolism disorder, familial hypobetalipoproteinemia 1, hypercholesterolemia, autosomal dominant, type b, сімейна гіперхолестеринемія, hypobetalipoproteinemia[1] |
Онтологія гена |
---|
Молекулярна функція | • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • lipid binding • lipid transporter activity • GO:0017127 cholesterol transfer activity • lipase binding • low-density lipoprotein particle receptor binding • phospholipid binding • heparin binding • signaling receptor binding |
---|
Клітинна компонента | • early endosome • chylomicron remnant • vesicle lumen • ендоплазматичний ретикулум • endosome membrane • mature chylomicron • endoplasmic reticulum lumen • vesicle membrane • endosome lumen • intermediate-density lipoprotein particle • clathrin-coated endocytic vesicle membrane • endoplasmic reticulum membrane • екзосома • endocytic vesicle lumen • neuronal cell body • цитоплазма • chylomicron • very-low-density lipoprotein particle • low-density lipoprotein particle • endoplasmic reticulum exit site • міжклітинний простір • smooth endoplasmic reticulum • гіалоплазма • клітинна мембрана • lysosomal lumen • внутрішньоклітинна мембранна органела • extracellular region • high-density lipoprotein particle |
---|
Біологічний процес | • artery morphogenesis • in utero embryonic development • запліднення • рецептор-опосередкований ендоцитоз • positive regulation of cholesterol storage • lipid metabolism • cholesterol metabolic process • cholesterol transport • regulation of cholesterol biosynthetic process • lipid transport • нейробіологія розвитку • leukocyte migration • response to carbohydrate • retinoid metabolic process • steroid metabolic process • triglyceride mobilization • lipid catabolic process • response to lipopolysaccharide • positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation • cellular response to prostaglandin stimulus • response to virus • positive regulation of lipid storage • cellular response to tumor necrosis factor • response to selenium ion • flagellated sperm motility • GO:1901313 positive regulation of gene expression • response to organic substance • cholesterol homeostasis • Сперматогенез • triglyceride catabolic process • cholesterol efflux • post-embryonic development • lipoprotein transport • toll-like receptor signaling pathway • response to estradiol • membrane organization • chylomicron remodeling • low-density lipoprotein particle remodeling • chylomicron assembly • very-low-density lipoprotein particle assembly • chylomicron remnant clearance • low-density lipoprotein particle clearance • very-low-density lipoprotein particle clearance • lipoprotein metabolic process • lipoprotein biosynthetic process • lipoprotein catabolic process • посттрансляційна модифікація • GO:0015915 транспорт |
---|
Джерела:Amigo / QuickGO | |
Шаблон експресії |
---|
|
Більше даних |
Ортологи |
---|
Види | Людина | Миша |
---|
Entrez | | |
---|
Ensembl | | |
---|
UniProt | | |
---|
RefSeq (мРНК) | | |
---|
RefSeq (білок) | | |
---|
Локус (UCSC) | Хр. 2: 21 – 21.04 Mb | Хр. 12: 8.03 – 8.07 Mb |
---|
PubMed search | [2] | [3] |
---|
Вікідані |
Див./Ред. для людей | Див./Ред. для мишей |
|
Аполіпоротеїн B (англ. Apolipoprotein B) – білок, який кодується геном APOB, розташованим у людей на короткому плечі 2-ї хромосоми.[4] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 4 563 амінокислот, а молекулярна маса — 515 605[5].
Послідовність амінокислот
10 | | 20 | | 30 | | 40 | | 50 |
MDPPRPALLA | | LLALPALLLL | | LLAGARAEEE | | MLENVSLVCP | | KDATRFKHLR |
KYTYNYEAES | | SSGVPGTADS | | RSATRINCKV | | ELEVPQLCSF | | ILKTSQCTLK |
EVYGFNPEGK | | ALLKKTKNSE | | EFAAAMSRYE | | LKLAIPEGKQ | | VFLYPEKDEP |
TYILNIKRGI | | ISALLVPPET | | EEAKQVLFLD | | TVYGNCSTHF | | TVKTRKGNVA |
TEISTERDLG | | QCDRFKPIRT | | GISPLALIKG | | MTRPLSTLIS | | SSQSCQYTLD |
AKRKHVAEAI | | CKEQHLFLPF | | SYKNKYGMVA | | QVTQTLKLED | | TPKINSRFFG |
EGTKKMGLAF | | ESTKSTSPPK | | QAEAVLKTLQ | | ELKKLTISEQ | | NIQRANLFNK |
LVTELRGLSD | | EAVTSLLPQL | | IEVSSPITLQ | | ALVQCGQPQC | | STHILQWLKR |
VHANPLLIDV | | VTYLVALIPE | | PSAQQLREIF | | NMARDQRSRA | | TLYALSHAVN |
NYHKTNPTGT | | QELLDIANYL | | MEQIQDDCTG | | DEDYTYLILR | | VIGNMGQTME |
QLTPELKSSI | | LKCVQSTKPS | | LMIQKAAIQA | | LRKMEPKDKD | | QEVLLQTFLD |
DASPGDKRLA | | AYLMLMRSPS | | QADINKIVQI | | LPWEQNEQVK | | NFVASHIANI |
LNSEELDIQD | | LKKLVKEALK | | ESQLPTVMDF | | RKFSRNYQLY | | KSVSLPSLDP |
ASAKIEGNLI | | FDPNNYLPKE | | SMLKTTLTAF | | GFASADLIEI | | GLEGKGFEPT |
LEALFGKQGF | | FPDSVNKALY | | WVNGQVPDGV | | SKVLVDHFGY | | TKDDKHEQDM |
VNGIMLSVEK | | LIKDLKSKEV | | PEARAYLRIL | | GEELGFASLH | | DLQLLGKLLL |
MGARTLQGIP | | QMIGEVIRKG | | SKNDFFLHYI | | FMENAFELPT | | GAGLQLQISS |
SGVIAPGAKA | | GVKLEVANMQ | | AELVAKPSVS | | VEFVTNMGII | | IPDFARSGVQ |
MNTNFFHESG | | LEAHVALKAG | | KLKFIIPSPK | | RPVKLLSGGN | | TLHLVSTTKT |
EVIPPLIENR | | QSWSVCKQVF | | PGLNYCTSGA | | YSNASSTDSA | | SYYPLTGDTR |
LELELRPTGE | | IEQYSVSATY | | ELQREDRALV | | DTLKFVTQAE | | GAKQTEATMT |
FKYNRQSMTL | | SSEVQIPDFD | | VDLGTILRVN | | DESTEGKTSY | | RLTLDIQNKK |
ITEVALMGHL | | SCDTKEERKI | | KGVISIPRLQ | | AEARSEILAH | | WSPAKLLLQM |
DSSATAYGST | | VSKRVAWHYD | | EEKIEFEWNT | | GTNVDTKKMT | | SNFPVDLSDY |
PKSLHMYANR | | LLDHRVPQTD | | MTFRHVGSKL | | IVAMSSWLQK | | ASGSLPYTQT |
LQDHLNSLKE | | FNLQNMGLPD | | FHIPENLFLK | | SDGRVKYTLN | | KNSLKIEIPL |
PFGGKSSRDL | | KMLETVRTPA | | LHFKSVGFHL | | PSREFQVPTF | | TIPKLYQLQV |
PLLGVLDLST | | NVYSNLYNWS | | ASYSGGNTST | | DHFSLRARYH | | MKADSVVDLL |
SYNVQGSGET | | TYDHKNTFTL | | SYDGSLRHKF | | LDSNIKFSHV | | EKLGNNPVSK |
GLLIFDASSS | | WGPQMSASVH | | LDSKKKQHLF | | VKEVKIDGQF | | RVSSFYAKGT |
YGLSCQRDPN | | TGRLNGESNL | | RFNSSYLQGT | | NQITGRYEDG | | TLSLTSTSDL |
QSGIIKNTAS | | LKYENYELTL | | KSDTNGKYKN | | FATSNKMDMT | | FSKQNALLRS |
EYQADYESLR | | FFSLLSGSLN | | SHGLELNADI | | LGTDKINSGA | | HKATLRIGQD |
GISTSATTNL | | KCSLLVLENE | | LNAELGLSGA | | SMKLTTNGRF | | REHNAKFSLD |
GKAALTELSL | | GSAYQAMILG | | VDSKNIFNFK | | VSQEGLKLSN | | DMMGSYAEMK |
FDHTNSLNIA | | GLSLDFSSKL | | DNIYSSDKFY | | KQTVNLQLQP | | YSLVTTLNSD |
LKYNALDLTN | | NGKLRLEPLK | | LHVAGNLKGA | | YQNNEIKHIY | | AISSAALSAS |
YKADTVAKVQ | | GVEFSHRLNT | | DIAGLASAID | | MSTNYNSDSL | | HFSNVFRSVM |
APFTMTIDAH | | TNGNGKLALW | | GEHTGQLYSK | | FLLKAEPLAF | | TFSHDYKGST |
SHHLVSRKSI | | SAALEHKVSA | | LLTPAEQTGT | | WKLKTQFNNN | | EYSQDLDAYN |
TKDKIGVELT | | GRTLADLTLL | | DSPIKVPLLL | | SEPINIIDAL | | EMRDAVEKPQ |
EFTIVAFVKY | | DKNQDVHSIN | | LPFFETLQEY | | FERNRQTIIV | | VLENVQRNLK |
HINIDQFVRK | | YRAALGKLPQ | | QANDYLNSFN | | WERQVSHAKE | | KLTALTKKYR |
ITENDIQIAL | | DDAKINFNEK | | LSQLQTYMIQ | | FDQYIKDSYD | | LHDLKIAIAN |
IIDEIIEKLK | | SLDEHYHIRV | | NLVKTIHDLH | | LFIENIDFNK | | SGSSTASWIQ |
NVDTKYQIRI | | QIQEKLQQLK | | RHIQNIDIQH | | LAGKLKQHIE | | AIDVRVLLDQ |
LGTTISFERI | | NDILEHVKHF | | VINLIGDFEV | | AEKINAFRAK | | VHELIERYEV |
DQQIQVLMDK | | LVELAHQYKL | | KETIQKLSNV | | LQQVKIKDYF | | EKLVGFIDDA |
VKKLNELSFK | | TFIEDVNKFL | | DMLIKKLKSF | | DYHQFVDETN | | DKIREVTQRL |
NGEIQALELP | | QKAEALKLFL | | EETKATVAVY | | LESLQDTKIT | | LIINWLQEAL |
SSASLAHMKA | | KFRETLEDTR | | DRMYQMDIQQ | | ELQRYLSLVG | | QVYSTLVTYI |
SDWWTLAAKN | | LTDFAEQYSI | | QDWAKRMKAL | | VEQGFTVPEI | | KTILGTMPAF |
EVSLQALQKA | | TFQTPDFIVP | | LTDLRIPSVQ | | INFKDLKNIK | | IPSRFSTPEF |
TILNTFHIPS | | FTIDFVEMKV | | KIIRTIDQML | | NSELQWPVPD | | IYLRDLKVED |
IPLARITLPD | | FRLPEIAIPE | | FIIPTLNLND | | FQVPDLHIPE | | FQLPHISHTI |
EVPTFGKLYS | | ILKIQSPLFT | | LDANADIGNG | | TTSANEAGIA | | ASITAKGESK |
LEVLNFDFQA | | NAQLSNPKIN | | PLALKESVKF | | SSKYLRTEHG | | SEMLFFGNAI |
EGKSNTVASL | | HTEKNTLELS | | NGVIVKINNQ | | LTLDSNTKYF | | HKLNIPKLDF |
SSQADLRNEI | | KTLLKAGHIA | | WTSSGKGSWK | | WACPRFSDEG | | THESQISFTI |
EGPLTSFGLS | | NKINSKHLRV | | NQNLVYESGS | | LNFSKLEIQS | | QVDSQHVGHS |
VLTAKGMALF | | GEGKAEFTGR | | HDAHLNGKVI | | GTLKNSLFFS | | AQPFEITAST |
NNEGNLKVRF | | PLRLTGKIDF | | LNNYALFLSP | | SAQQASWQVS | | ARFNQYKYNQ |
NFSAGNNENI | | MEAHVGINGE | | ANLDFLNIPL | | TIPEMRLPYT | | IITTPPLKDF |
SLWEKTGLKE | | FLKTTKQSFD | | LSVKAQYKKN | | KHRHSITNPL | | AVLCEFISQS |
IKSFDRHFEK | | NRNNALDFVT | | KSYNETKIKF | | DKYKAEKSHD | | ELPRTFQIPG |
YTVPVVNVEV | | SPFTIEMSAF | | GYVFPKAVSM | | PSFSILGSDV | | RVPSYTLILP |
SLELPVLHVP | | RNLKLSLPDF | | KELCTISHIF | | IPAMGNITYD | | FSFKSSVITL |
NTNAELFNQS | | DIVAHLLSSS | | SSVIDALQYK | | LEGTTRLTRK | | RGLKLATALS |
LSNKFVEGSH | | NSTVSLTTKN | | MEVSVATTTK | | AQIPILRMNF | | KQELNGNTKS |
KPTVSSSMEF | | KYDFNSSMLY | | STAKGAVDHK | | LSLESLTSYF | | SIESSTKGDV |
KGSVLSREYS | | GTIASEANTY | | LNSKSTRSSV | | KLQGTSKIDD | | IWNLEVKENF |
AGEATLQRIY | | SLWEHSTKNH | | LQLEGLFFTN | | GEHTSKATLE | | LSPWQMSALV |
QVHASQPSSF | | HDFPDLGQEV | | ALNANTKNQK | | IRWKNEVRIH | | SGSFQSQVEL |
SNDQEKAHLD | | IAGSLEGHLR | | FLKNIILPVY | | DKSLWDFLKL | | DVTTSIGRRQ |
HLRVSTAFVY | | TKNPNGYSFS | | IPVKVLADKF | | IIPGLKLNDL | | NSVLVMPTFH |
VPFTDLQVPS | | CKLDFREIQI | | YKKLRTSSFA | | LNLPTLPEVK | | FPEVDVLTKY |
SQPEDSLIPF | | FEITVPESQL | | TVSQFTLPKS | | VSDGIAALDL | | NAVANKIADF |
ELPTIIVPEQ | | TIEIPSIKFS | | VPAGIVIPSF | | QALTARFEVD | | SPVYNATWSA |
SLKNKADYVE | | TVLDSTCSST | | VQFLEYELNV | | LGTHKIEDGT | | LASKTKGTFA |
HRDFSAEYEE | | DGKYEGLQEW | | EGKAHLNIKS | | PAFTDLHLRY | | QKDKKGISTS |
AASPAVGTVG | | MDMDEDDDFS | | KWNFYYSPQS | | SPDKKLTIFK | | TELRVRESDE |
ETQIKVNWEE | | EAASGLLTSL | | KDNVPKATGV | | LYDYVNKYHW | | EHTGLTLREV |
SSKLRRNLQN | | NAEWVYQGAI | | RQIDDIDVRF | | QKAASGTTGT | | YQEWKDKAQN |
LYQELLTQEG | | QASFQGLKDN | | VFDGLVRVTQ | | EFHMKVKHLI | | DSLIDFLNFP |
RFQFPGKPGI | | YTREELCTMF | | IREVGTVLSQ | | VYSKVHNGSE | | ILFSYFQDLV |
ITLPFELRKH | | KLIDVISMYR | | ELLKDLSKEA | | QEVFKAIQSL | | KTTEVLRNLQ |
DLLQFIFQLI | | EDNIKQLKEM | | KFTYLINYIQ | | DEINTIFSDY | | IPYVFKLLKE |
NLCLNLHKFN | | EFIQNELQEA | | SQELQQIHQY | | IMALREEYFD | | PSIVGWTVKY |
YELEEKIVSL | | IKNLLVALKD | | FHSEYIVSAS | | NFTSQLSSQV | | EQFLHRNIQE |
YLSILTDPDG | | KGKEKIAELS | | ATAQEIIKSQ | | AIATKKIISD | | YHQQFRYKLQ |
DFSDQLSDYY | | EKFIAESKRL | | IDLSIQNYHT | | FLIYITELLK | | KLQSTTVMNP |
YMKLAPGELT | | IIL |
Задіяний у таких біологічних процесах як метаболізм ліпідів, транспорт, метаболізм холестеролу, транспорт ліпідів, метаболізм стероїдів, метаболізм стеролів. Білок має сайт для зв'язування з молекулою гепарину. Локалізований у цитоплазмі. Також секретований назовні.
Білкові ізоформи
Основний білок, який утворюється при експресії гену APOB має молекулярну масу близько 100 кДа, синтезується в печінці й відповідає за обмін ліпідів, перебуваючи у складі ліпопротеїдів великої і низької щільності в плазмі крові. Механізм редагування мРНК аполіпопротеїну B призводить до появи меншої ізоформи ApoB-48 (масою 48 кДа), яка секретується клітинами тонкого кишечнику.
Історія відкриття
Група американських вчених із Техасу досліджувала як саме один ген дає дві різні білкові ізоформи[6]. Перша ізоформа за амінокислотною послідовністю збігалася з теоретично передбаченою з нуклеотидів гену APOB, тоді як ApoB-48 хоча й мала антигенні властивості N-кінцевої ділянки першої, проте значно відрізнялася за функцією. Аналіз мРНК у печінці й кишечнику виявив наявність повних транскриптів гену ApoB, але в кишечнику цитозин у 6457 положенні було замінено на урацил. Така заміна в цьому місці перетворювала кодон ЦАА, що кодує амінокислоту глутамін, на триплет УАА, що є одним зі стоп-кодонів. Це призводило до припинення трансляції білку й утворення вкороченої молекули ApoB-48. Автори дослідження висунули гіпотезу про відкриття унікального механізму зміни транскрипції. У подальшому було описано цілу систему дезамінування цитозинів у мРНК після транскрипції.
Механізм редагування РНК
Головним ферментом, який бере участь у редагуванні РНК шляхом дезамінування цитидину, в хребетних тварин є цитидиндезаміназа, яка кодується геном APOBEC1. Цей фермент редагує вже зрілі мРНК в ядрі. Для редагування необхідний білковий комплекс, до якого окрім APOBEC1 входить білок ACF (англ. apobec-1 complementation factor), допоміжний фактор APOBEC1 і ще деякі білки. Цей комплекс розпізнає ділянку РНК у 30-40 нуклеотидів, яка утворює шпильку, причому цільовий цитозин міститься в «голівці» (неспареній ділянці) цієї шпильки. Білок ACF виконує адапторну функцію, забезпечуючи контакт дезамінази з РНК. Комплекс розпізнає послідовність UUUN(A/U)U, яка має міститися далі за сайтом редагування та перетинається з якірною послідовністю, до якої приєднується молекула ACF.
мРНК аполіпопротеїну B є основною мішенню дії ферменту APOBEC1, який експресується переважно у кишечнику людини та додатково у печінці інших видів ссавців.
Література
- Deeb S.S., Motulsky A.G., Albers J.J. (1985). A partial cDNA clone for human apolipoprotein B. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 82: 4983—4986. PMID 3860836 DOI:10.1073/pnas.82.15.4983
- Carlsson P., Darnfors C., Olofsson S.O., Bjursell G. (1986). Analysis of the human apolipoprotein B gene; complete structure of the B-74 region. Gene. 49: 29—51. PMID 2883086 DOI:10.1016/0378-1119(86)90383-5
- Hardman D.A., Protter A.A., Schilling J.W., Kane J.P. (1987). Carboxyl terminal analysis of human B-48 protein confirms the novel mechanism proposed for chain termination. Biochem. Biophys. Res. Commun. 149: 1214—1219. PMID 3426612 DOI:10.1016/0006-291X(87)90537-7
- Hospattankar A.V., Higuchi K., Law S.W., Meglin N., Brewer H.B. Jr. (1987). Identification of a novel in-frame translational stop codon in human intestine apoB mRNA. Biochem. Biophys. Res. Commun. 148: 279—285. PMID 2445342 DOI:10.1016/0006-291X(87)91107-7
- Dashti N., Lee D.M., Mok T. (1986). Apolipoprotein B is a calcium binding protein. Biochem. Biophys. Res. Commun. 137: 493—499. PMID 3087360 DOI:10.1016/0006-291X(86)91237-4
- Zhao Y., McCabe J.B., Vance J., Berthiaume L.G. (2000). Palmitoylation of apolipoprotein B is required for proper intracellular sorting and transport of cholesteroyl esters and triglycerides. Mol. Biol. Cell. 11: 721—734. PMID 10679026 DOI:10.1091/mbc.11.2.721
Примітки
- ↑ Захворювання, генетично пов'язані з Аполіпопротеїн B переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.
- ↑ Human PubMed Reference:.
- ↑ Mouse PubMed Reference:.
- ↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:603 (англ.) . Процитовано 30 січня 2017.
{{cite web}}
: Обслуговування CS1: Сторінки з параметром url-status, але без параметра archive-url (посилання) - ↑ UniProt, P04114 (англ.) . Архів оригіналу за 15 грудня 2016. Процитовано 30 січня 2017.
- ↑ Chen, SH and Habib, G and Yang, CY and Gu, ZW and Lee, BR and Weng, SA and Silberman and Cai, SJ and Deslypere, JP and Rosseneu, M and et, al. (1987). Apolipoprotein B-48 is the product of a messenger RNA with an organ-specific in-frame stop codon. Science. 238 (4825): 363—366. doi:10.1126/science.3659919. Архів оригіналу за 24 вересня 2015. Процитовано 3 травня 2017.
Див. також
Портал «Біологія» Портал «Хімія» |
| Це незавершена стаття про білки. Ви можете допомогти проєкту, виправивши або дописавши її. |