ALYREF

Наявні структури

Пошук ортологів: PDBe RCSB

Список кодів PDB
3ULH

Ідентифікатори

Символи

ALYREF, ALY, ALY/REF, BEF, REF, THOC4, Aly/REF export factor

Зовнішні ІД

OMIM: 604171 HomoloGene: 134554 GeneCards: ALYREF

Онтологія гена
Молекулярна функція	• GO:0001948, GO:0016582 protein binding • nucleic acid binding • RNA binding
Клітинна компонента	• цитоплазма • гіалоплазма • nuclear speck • catalytic step 2 spliceosome • мембрана • transcription export complex • exon-exon junction complex • spliceosomal complex • екзосома • клітинне ядро • нуклеоплазма
Біологічний процес	• regulation of DNA recombination • mRNA splicing, via spliceosome • termination of RNA polymerase II transcription • mRNA transport • mRNA processing • viral mRNA export from host cell nucleus • mRNA export from nucleus • positive regulation of DNA-templated transcription, elongation • osteoblast differentiation • replication fork processing • GO:0022415 viral process • mRNA 3'-end processing • Сплайсинг РНК • RNA export from nucleus • GO:0015915 транспорт
Джерела:Amigo / QuickGO

Ортологи

Види

Людина

Миша

Entrez


10189


690585

Ensembl


ENSG00000183684


ENSRNOG00000036687

UniProt


Q86V81


D3ZXH7

RefSeq (мРНК)


NM_005782


NM_001109602

RefSeq (білок)


NP_005773


NP_001103072 NP_001381323

Локус (UCSC)

Хр. 17: 81.89 – 81.89 Mb

н/д

PubMed search

^[1]

^[2]

Вікідані

Див./Ред. для людей

Див./Ред. для мишей

ALYREF (англ. Aly/REF export factor) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 17-ї хромосоми. ^[3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 257 амінокислот, а молекулярна маса — 26 888^[4].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MADKMDMSLD	DIIKLNRSQR	GGRGGGRGRG	RAGSQGGRGG	GAQAAARVNR
GGGPIRNRPA	IARGAAGGGG	RNRPAPYSRP	KQLPDKWQHD	LFDSGFGGGA
GVETGGKLLV	SNLDFGVSDA	DIQELFAEFG	TLKKAAVHYD	RSGRSLGTAD
VHFERKADAL	KAMKQYNGVP	LDGRPMNIQL	VTSQIDAQRR	PAQSVNRGGM
TRNRGAGGFG	GGGGTRRGTR	GGARGRGRGA	GRNSKQQLSA	EELDAQLDAY
NARMDTS

A: Аланін
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функцією належить до шаперонів. Задіяний у таких біологічних процесах як взаємодія хазяїн-вірус, процесінг мРНК, сплайсінг мРНК, транспорт, транспорт мРНК. Білок має сайт для зв'язування з РНК. Локалізований у цитоплазмі, ядрі.

Література

The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
Wichmann I., Garcia-Lozano J.R., Respaldiza N., Gonzalez-Escribano M.F., Nunez-Roldan A. (1999). Autoantibodies to transcriptional regulation proteins DEK and ALY in a patient with systemic lupus erythematosus. Hum. Immunol. 60: 57—62. PMID 9952027 DOI:10.1016/S0198-8859(98)00085-8
Rappsilber J., Ryder U., Lamond A.I., Mann M. (2002). Large-scale proteomic analysis of the human spliceosome. Genome Res. 12: 1231—1245. PMID 12176931 DOI:10.1101/gr.473902
Virbasius C.-M., Wagner S., Green M.R. (1999). A human nuclear-localized chaperone that regulates dimerization, DNA binding, and transcriptional activity of bZIP proteins. Mol. Cell. 4: 219—228. PMID 10488337 DOI:10.1016/S1097-2765(00)80369-X
Le Hir H., Izaurralde E., Maquat L.E., Moore M.J. (2000). The spliceosome deposits multiple proteins 20-24 nucleotides upstream of mRNA exon-exon junctions. EMBO J. 19: 6860—6869. PMID 11118221 DOI:10.1093/emboj/19.24.6860
Kataoka N., Diem M.D., Kim V.N., Yong J., Dreyfuss G. (2001). Magoh, a human homolog of Drosophila mago nashi protein, is a component of the splicing-dependent exon-exon junction complex. EMBO J. 20: 6424—6433. PMID 11707413 DOI:10.1093/emboj/20.22.6424

Примітки

↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:19071 (англ.) . Архів оригіналу за 2 квітня 2016. Процитовано 27 лютого 2017.
↑ UniProt, Q86V81 (англ.) . Архів оригіналу за 11 жовтня 2016. Процитовано 27 лютого 2017.