ARID5B

Наявні структури

Пошук ортологів: PDBe RCSB

Список кодів PDB
1IG6, 2OEH

Ідентифікатори

Символи

ARID5B, DESRT, MRF-2, MRF2, AT-rich interaction domain 5B

Зовнішні ІД

OMIM: 608538 MGI: 2175912 HomoloGene: 45872 GeneCards: ARID5B

Пов'язані генетичні захворювання

ревматоїдний артрит, Гострий лімфобластний лейкоз, lymphoblastic leukemia^[1]

Онтологія гена
Молекулярна функція	• DNA binding • RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding • GO:0001105 transcription coactivator activity • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • GO:0001078, GO:0001214, GO:0001206 DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific • histone demethylase activity • GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific
Клітинна компонента	• нуклеоплазма • клітинне ядро
Біологічний процес	• GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II • transcription, DNA-templated • liver development • GO:0045996 negative regulation of transcription, DNA-templated • histone demethylation • розвиток нирки • nitrogen compound metabolic process • male gonad development • female gonad development • post-embryonic development • fibroblast migration • adrenal gland development • multicellular organism growth • fat cell differentiation • platelet-derived growth factor receptor signaling pathway • розвиток клітин • muscle organ morphogenesis • skeletal system morphogenesis • positive regulation of DNA-binding transcription factor activity • roof of mouth development • face morphogenesis • adipose tissue development • fat pad development • cellular response to leukemia inhibitory factor • positive regulation of nucleic acid-templated transcription • GO:0044324, GO:0003256, GO:1901213, GO:0046019, GO:0046020, GO:1900094, GO:0061216, GO:0060994, GO:1902064, GO:0003258, GO:0072212 regulation of transcription by RNA polymerase II
Джерела:Amigo / QuickGO

Ортологи

Види

Людина

Миша

Entrez


84159


71371

Ensembl


ENSG00000150347


ENSMUSG00000019947

UniProt


Q14865


Q8BM75

RefSeq (мРНК)


NM_001244638 NM_032199


NM_023598

RefSeq (білок)


NP_001231567 NP_115575


NP_076087

Локус (UCSC)

Хр. 10: 61.9 – 62.1 Mb

Хр. 10: 67.93 – 68.11 Mb

PubMed search

^[2]

^[3]

Вікідані

Див./Ред. для людей

Див./Ред. для мишей

ARID5B (англ. AT-rich interaction domain 5B) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 10-ї хромосоми.^[4] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 1 188 амінокислот, а молекулярна маса — 132 375^[5].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MEPNSLQWVG	SPCGLHGPYI	FYKAFQFHLE	GKPRILSLGD	FFFVRCTPKD
PICIAELQLL	WEERTSRQLL	SSSKLYFLPE	DTPQGRNSDH	GEDEVIAVSE
KVIVKLEDLV	KWVHSDFSKW	RCGFHAGPVK	TEALGRNGQK	EALLKYRQST
LNSGLNFKDV	LKEKADLGED	EEETNVIVLS	YPQYCRYRSM	LKRIQDKPSS
ILTDQFALAL	GGIAVVSRNP	QILYCRDTFD	HPTLIENESI	CDEFAPNLKG
RPRKKKPCPQ	RRDSFSGVKD	SNNNSDGKAV	AKVKCEARSA	LTKPKNNHNC
KKVSNEEKPK	VAIGEECRAD	EQAFLVALYK	YMKERKTPIE	RIPYLGFKQI
NLWTMFQAAQ	KLGGYETITA	RRQWKHIYDE	LGGNPGSTSA	ATCTRRHYER
LILPYERFIK	GEEDKPLPPI	KPRKQENSSQ	ENENKTKVSG	TKRIKHEIPK
SKKEKENAPK	PQDAAEVSSE	QEKEQETLIS	QKSIPEPLPA	ADMKKKIEGY
QEFSAKPLAS	RVDPEKDNET	DQGSNSEKVA	EEAGEKGPTP	PLPSAPLAPE
KDSALVPGAS	KQPLTSPSAL	VDSKQESKLC	CFTESPESEP	QEASFPSFPT
TQPPLANQNE	TEDDKLPAMA	DYIANCTVKV	DQLGSDDIHN	ALKQTPKVLV
VQSFDMFKDK	DLTGPMNENH	GLNYTPLLYS	RGNPGIMSPL	AKKKLLSQVS
GASLSSSYPY	GSPPPLISKK	KLIARDDLCS	SLSQTHHGQS	TDHMAVSRPS
VIQHVQSFRS	KPSEERKTIN	DIFKHEKLSR	SDPHRCSFSK	HHLNPLADSY
VLKQEIQEGK	DKLLEKRALP	HSHMPSFLAD	FYSSPHLHSL	YRHTEHHLHN
EQTSKYPSRD	MYRESENSSF	PSHRHQEKLH	VNYLTSLHLQ	DKKSAAAEAP
TDDQPTDLSL	PKNPHKPTGK	VLGLAHSTTG	PQESKGISQF	QVLGSQSRDC
HPKACRVSPM	TMSGPKKYPE	SLSRSGKPHH	VRLENFRKME	GMVHPILHRK
MSPQNIGAAR	PIKRSLEDLD	LVIAGKKARA	VSPLDPSKEV	SGKEKASEQE
SEGSKAAHGG	HSGGGSEGHK	LPLSSPIFPG	LYSGSLCNSG	LNSRLPAGYS
HSLQYLKNQT	VLSPLMQPLA	FHSLVMQRGI	FTSPTNSQQL	YRHLAAATPV
GSSYGDLLHN	SIYPLAAINP	QAAFPSSQLS	SVHPSTKL

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до активаторів, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як транскрипція, регуляція транскрипції, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з ДНК. Локалізований у ядрі.

Література

The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
Whitson R.H., Huang T., Itakura K. (1999). The novel Mrf-2 DNA-binding domain recognizes a five-base core sequence through major and minor-groove contacts. Biochem. Biophys. Res. Commun. 258: 326—331. PMID 10329386 DOI:10.1006/bbrc.1999.0643
Patsialou A., Wilsker D., Moran E. (2005). DNA-binding properties of ARID family proteins. Nucleic Acids Res. 33: 66—80. PMID 15640446 DOI:10.1093/nar/gki145
Healy J., Richer C., Bourgey M., Kritikou E.A., Sinnett D. (2010). Replication analysis confirms the association of ARID5B with childhood B-cell acute lymphoblastic leukemia. Haematologica. 95: 1608—1611. PMID 20460642 DOI:10.3324/haematol.2010.022459
Hendriks I.A., Treffers L.W., Verlaan-de Vries M., Olsen J.V., Vertegaal A.C. (2015). SUMO-2 orchestrates chromatin modifiers in response to DNA damage. Cell Rep. 10: 1778—1791. PMID 25772364 DOI:10.1016/j.celrep.2015.02.033
Yuan Y.-C., Whitson R.H., Liu Q., Itakura K., Chen Y. (1998). A novel DNA-binding motif shares structural homology to DNA replication and repair nucleases and polymerases. Nat. Struct. Biol. 5: 959—964. PMID 9808040 DOI:10.1038/2934

Примітки

↑ Захворювання, генетично пов'язані з ARID5B переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.
↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:17362 (англ.) . Процитовано 8 вересня 2017.
↑ UniProt, Q14865 (англ.) . Архів оригіналу за 22 жовтня 2017. Процитовано 8 вересня 2017.