CHD1

Наявні структури

Пошук ортологів: PDBe RCSB

Список кодів PDB
2B2T, 2B2U, 2B2V, 2B2W, 2B2Y, 4B4C, 4NW2, 4O42, 5AFW, 2N39

Ідентифікатори

Символи

CHD1, chromodomain helicase DNA binding protein 1, PILBOS, CHD-1

Зовнішні ІД

OMIM: 602118 MGI: 88393 HomoloGene: 68174 GeneCards: CHD1

Онтологія гена
Молекулярна функція	• DNA binding • GO:0004003 DNA helicase activity • nucleotide binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • hydrolase activity • ATP binding • GO:0008026 helicase activity • methylated histone binding
Клітинна компонента	• цитоплазма • клітинне ядро • fibrillar center • нуклеоплазма
Біологічний процес	• GO:0044324, GO:0003256, GO:1901213, GO:0046019, GO:0046020, GO:1900094, GO:0061216, GO:0060994, GO:1902064, GO:0003258, GO:0072212 regulation of transcription by RNA polymerase II • ремоделювання хроматину • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • positive regulation by host of viral transcription • transcription, DNA-templated • DNA duplex unwinding • GO:0031497, GO:0006336, GO:0034724, GO:0001301, GO:0007580, GO:0034652, GO:0010847 chromatin organization
Джерела:Amigo / QuickGO

Шаблон експресії

Більше даних

Ортологи

Види

Людина

Миша

Entrez


1105


12648

Ensembl


ENSG00000153922


ENSMUSG00000023852

UniProt


O14646


P40201

RefSeq (мРНК)


NM_001270 NM_001364113 NM_001376194


NM_007690

RefSeq (білок)


NP_001261 NP_001351042 NP_001363123


NP_031716

Локус (UCSC)

Хр. 5: 98.85 – 98.93 Mb

Хр. 17: 15.93 – 15.99 Mb

PubMed search

^[1]

^[2]

Вікідані

Див./Ред. для людей

Див./Ред. для мишей

CHD1 (англ. Chromodomain helicase DNA binding protein 1) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 5-ї хромосоми. ^[3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 1 710 амінокислот, а молекулярна маса — 196 688^[4].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MNGHSDEESV	RNSSGESSQS	DDDSGSASGS	GSGSSSGSSS	DGSSSQSGSS
DSDSGSESGS	QSESESDTSR	ENKVQAKPPK	VDGAEFWKSS	PSILAVQRSA
ILKKQQQQQQ	QQQHQASSNS	GSEEDSSSSE	DSDDSSSEVK	RKKHKDEDWQ
MSGSGSPSQS	GSDSESEEER	EKSSCDETES	DYEPKNKVKS	RKPQNRSKSK
NGKKILGQKK	RQIDSSEEDD	DEEDYDNDKR	SSRRQATVNV	SYKEDEEMKT
DSDDLLEVCG	EDVPQPEEEE	FETIERFMDC	RIGRKGATGA	TTTIYAVEAD
GDPNAGFEKN	KEPGEIQYLI	KWKGWSHIHN	TWETEETLKQ	QNVRGMKKLD
NYKKKDQETK	RWLKNASPED	VEYYNCQQEL	TDDLHKQYQI	VERIIAHSNQ
KSAAGYPDYY	CKWQGLPYSE	CSWEDGALIS	KKFQACIDEY	FSRNQSKTTP
FKDCKVLKQR	PRFVALKKQP	SYIGGHEGLE	LRDYQLNGLN	WLAHSWCKGN
SCILADEMGL	GKTIQTISFL	NYLFHEHQLY	GPFLLVVPLS	TLTSWQREIQ
TWASQMNAVV	YLGDINSRNM	IRTHEWTHHQ	TKRLKFNILL	TTYEILLKDK
AFLGGLNWAF	IGVDEAHRLK	NDDSLLYKTL	IDFKSNHRLL	ITGTPLQNSL
KELWSLLHFI	MPEKFSSWED	FEEEHGKGRE	YGYASLHKEL	EPFLLRRVKK
DVEKSLPAKV	EQILRMEMSA	LQKQYYKWIL	TRNYKALSKG	SKGSTSGFLN
IMMELKKCCN	HCYLIKPPDN	NEFYNKQEAL	QHLIRSSGKL	ILLDKLLIRL
RERGNRVLIF	SQMVRMLDIL	AEYLKYRQFP	FQRLDGSIKG	ELRKQALDHF
NAEGSEDFCF	LLSTRAGGLG	INLASADTVV	IFDSDWNPQN	DLQAQARAHR
IGQKKQVNIY	RLVTKGSVEE	DILERAKKKM	VLDHLVIQRM	DTTGKTVLHT
GSAPSSSTPF	NKEELSAILK	FGAEELFKEP	EGEEQEPQEM	DIDEILKRAE
THENEPGPLT	VGDELLSQFK	VANFSNMDED	DIELEPERNS	KNWEEIIPED
QRRRLEEEER	QKELEEIYML	PRMRNCAKQI	SFNGSEGRRS	RSRRYSGSDS
DSISEGKRPK	KRGRPRTIPR	ENIKGFSDAE	IRRFIKSYKK	FGGPLERLDA
IARDAELVDK	SETDLRRLGE	LVHNGCIKAL	KDSSSGTERT	GGRLGKVKGP
TFRISGVQVN	AKLVISHEEE	LIPLHKSIPS	DPEERKQYTI	PCHTKAAHFD
IDWGKEDDSN	LLIGIYEYGY	GSWEMIKMDP	DLSLTHKILP	DDPDKKPQAK
QLQTRADYLI	KLLSRDLAKK	EALSGAGSSK	RRKARAKKNK	AMKSIKVKEE
IKSDSSPLPS	EKSDEDDDKL	SESKSDGRER	SKKSSVSDAP	VHITASGEPV
PISEESEELD	QKTFSICKER	MRPVKAALKQ	LDRPEKGLSE	REQLEHTRQC
LIKIGDHITE	CLKEYTNPEQ	IKQWRKNLWI	FVSKFTEFDA	RKLHKLYKHA
IKKRQESQQN	SDQNSNLNPH	VIRNPDVERL	KENTNHDDSS	RDSYSSDRHL
TQYHDHHKDR	HQGDSYKKSD	SRKRPYSSFS	NGKDHRDWDH	YKQDSRYYSD
REKHRKLDDH	RSRDHRSNLE	GSLKDRSHSD	HRSHSDHRLH	SDHRSSSEYT
HHKSSRDYRY	HSDWQMDHRA	SSSGPRSPLD	QRSPYGSRSP	FEHSVEHKST
PEHTWSSRKT

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до гідролаз, геліказ, регуляторів хроматину, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах як транскрипція, регуляція транскрипції, поліморфізм, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з АТФ, нуклеотидами, ДНК. Локалізований у цитоплазмі, ядрі.

Література

Woodage T., Basrai M.A., Baxevanis A.D., Hieter P., Collins F.S. (1997). Characterization of the CHD family of proteins. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 94: 11472—11477. PMID 9326634 DOI:10.1073/pnas.94.21.11472
The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
Beausoleil S.A., Villen J., Gerber S.A., Rush J., Gygi S.P. (2006). A probability-based approach for high-throughput protein phosphorylation analysis and site localization. Nat. Biotechnol. 24: 1285—1292. PMID 16964243 DOI:10.1038/nbt1240

Примітки

↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:1915 (англ.) . Процитовано 31 серпня 2017.{{cite web}}: Обслуговування CS1: Сторінки з параметром url-status, але без параметра archive-url (посилання)
↑ UniProt, O14646 (англ.) . Архів оригіналу за 17 серпня 2017. Процитовано 31 серпня 2017.