CPSF4

Наявні структури

Пошук ортологів: PDBe RCSB

Список кодів PDB
2D9N, 2RHK

Ідентифікатори

Символи

CPSF4, CPSF30, NAR, NEB1, NEB-1, cleavage and polyadenylation specific factor 4

Зовнішні ІД

OMIM: 603052 MGI: 1861602 HomoloGene: 38216 GeneCards: CPSF4

Онтологія гена
Молекулярна функція	• nucleic acid binding • zinc ion binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • зв'язування з іоном металу • endoribonuclease activity • RNA binding
Клітинна компонента	• mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex • клітинне ядро • нуклеоплазма • внутрішньоклітинна мембранна органела
Біологічний процес	• mRNA processing • modification by virus of host mRNA processing • GO:0022415 viral process • tRNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation • mRNA splicing, via spliceosome • termination of RNA polymerase II transcription • mRNA polyadenylation • mRNA export from nucleus • mRNA 3'-end processing • RNA phosphodiester bond hydrolysis, endonucleolytic • pre-mRNA cleavage required for polyadenylation
Джерела:Amigo / QuickGO

Шаблон експресії

Більше даних

Ортологи

Види

Людина

Миша

Entrez


10898


54188

Ensembl


ENSG00000160917


ENSMUSG00000029625

UniProt


O95639


Q8BQZ5

RefSeq (мРНК)


NM_001081559 NM_006693 NM_001318160 NM_001318161 NM_001318162


NM_001291248 NM_001291249 NM_178576 NM_001374716

RefSeq (білок)


NP_001075028 NP_001305089 NP_001305090 NP_001305091 NP_006684


NP_001278177 NP_001278178 NP_848671 NP_001361645

Локус (UCSC)

Хр. 7: 99.44 – 99.46 Mb

Хр. 5: 145.1 – 145.12 Mb

PubMed search

^[1]

^[2]

Вікідані

Див./Ред. для людей

Див./Ред. для мишей

CPSF4 (англ. Cleavage and polyadenylation specific factor 4) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 7-ї хромосоми.^[3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 269 амінокислот, а молекулярна маса — 30 255^[4].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MQEIIASVDH	IKFDLEIAVE	QQLGAQPLPF	PGMDKSGAAV	CEFFLKAACG
KGGMCPFRHI	SGEKTVVCKH	WLRGLCKKGD	QCEFLHEYDM	TKMPECYFYS
KFGECSNKEC	PFLHIDPESK	IKDCPWYDRG	FCKHGPLCRH	RHTRRVICVN
YLVGFCPEGP	SCKFMHPRFE	LPMGTTEQPP	LPQQTQPPAK	QSNNPPLQRS
SSLIQLTSQN	SSPNQQRTPQ	VIGVMQSQNS	SAGNRGPRPL	EQVTCYKCGE
KGHYANRCTK	GHLAFLSGQ

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функцією належить до фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як взаємодія хазяїн-вірус, процесинг мРНК, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з іонами металів, іоном цинку, РНК. Локалізований у ядрі.

Література

The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
Barabino S.M.L., Huebner W., Jenny A., Minvielle-Sebastia L., Keller W. (1997). The 30-kD subunit of mammalian cleavage and polyadenylation specificity factor and its yeast homolog are RNA-binding zinc finger proteins. Genes Dev. 11: 1703—1716. PMID 9224719 DOI:10.1101/gad.11.13.1703
Nemeroff M.E., Barabino S.M.L., Li Y., Keller W., Krug R.M. (1998). Influenza virus NS1 protein interacts with the cellular 30 kDa subunit of CPSF and inhibits 3'end formation of cellular pre-mRNAs. Mol. Cell. 1: 991—1000. PMID 9651582 DOI:10.1016/S1097-2765(00)80099-4
Kaufmann I., Martin G., Friedlein A., Langen H., Keller W. (2004). Human Fip1 is a subunit of CPSF that binds to U-rich RNA elements and stimulates poly(A) polymerase. EMBO J. 23: 616—626. PMID 14749727 DOI:10.1038/sj.emboj.7600070
Laishram R.S., Anderson R.A. (2010). The poly A polymerase Star-PAP controls 3'-end cleavage by promoting CPSF interaction and specificity toward the pre-mRNA. EMBO J. 29: 4132—4145. PMID 21102410 DOI:10.1038/emboj.2010.287

Примітки

↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:2327 (англ.) . Процитовано 7 вересня 2017.
↑ UniProt, O95639 (англ.) . Архів оригіналу за 1 грудня 2017. Процитовано 7 вересня 2017.