HNRNPF

Наявні структури

Пошук ортологів: PDBe RCSB

Список кодів PDB
2HGL, 2HGM, 2HGN, 2KFY, 2KG0, 2KG1, 3TFY

Ідентифікатори

Символи

HNRNPF, HNRPF, OK/SW-cl.23, mcs94-1, heterogeneous nuclear ribonucleoprotein F

Зовнішні ІД

OMIM: 601037 MGI: 2138741 HomoloGene: 21032 GeneCards: HNRNPF

Онтологія гена
Молекулярна функція	• TBP-class protein binding • transcription factor binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • single-stranded RNA binding • nucleic acid binding • RNA binding
Клітинна компонента	• catalytic step 2 spliceosome • spliceosomal complex • мембрана • клітинне ядро • нуклеоплазма • гіалоплазма • клітинна мембрана
Біологічний процес	• mRNA splicing, via spliceosome • regulation of RNA splicing • mRNA processing • GO:0033168, GO:0036404, GO:1902360 RNA processing • fibroblast growth factor receptor signaling pathway • Сплайсинг РНК • RNA metabolic process • interleukin-12-mediated signaling pathway
Джерела:Amigo / QuickGO

Ортологи

Види

Людина

Миша

Entrez


3185


98758

Ensembl


ENSG00000169813


ENSMUSG00000042079

UniProt


P52597


Q9Z2X1

RefSeq (мРНК)

NM_004966 NM_001098204 NM_001098205 NM_001098206 NM_001098207
NM_001098208

NM_001166427 NM_001166428 NM_001166429 NM_001166430 NM_001166431
NM_001166432 NM_133834

RefSeq (білок)

NP_001091674 NP_001091675 NP_001091676 NP_001091677 NP_001091678
NP_004957

NP_001159899 NP_001159900 NP_001159901 NP_001159902 NP_001159903
NP_001159904 NP_598595

Локус (UCSC)

Хр. 10: 43.39 – 43.41 Mb

Хр. 6: 117.88 – 117.9 Mb

PubMed search

^[1]

^[2]

Вікідані

Див./Ред. для людей

Див./Ред. для мишей

HNRNPF (англ. Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein F) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 10-ї хромосоми. ^[3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 415 амінокислот, а молекулярна маса — 45 672^[4].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MMLGPEGGEG	FVVKLRGLPW	SCSVEDVQNF	LSDCTIHDGA	AGVHFIYTRE
GRQSGEAFVE	LGSEDDVKMA	LKKDRESMGH	RYIEVFKSHR	TEMDWVLKHS
GPNSADSAND	GFVRLRGLPF	GCTKEEIVQF	FSGLEIVPNG	ITLPVDPEGK
ITGEAFVQFA	SQELAEKALG	KHKERIGHRY	IEVFKSSQEE	VRSYSDPPLK
FMSVQRPGPY	DRPGTARRYI	GIVKQAGLER	MRPGAYSTGY	GGYEEYSGLS
DGYGFTTDLF	GRDLSYCLSG	MYDHRYGDSE	FTVQSTTGHC	VHMRGLPYKA
TENDIYNFFS	PLNPVRVHIE	IGPDGRVTGE	ADVEFATHEE	AVAAMSKDRA
NMQHRYIELF	LNSTTGASNG	AYSSQVMQGM	GVSAAQATYS	GLESQSVSGC
YGAGYSGQNS	MGGYD

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функцією належить до рибонуклеопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах як процесінг мРНК, сплайсінг мРНК. Білок має сайт для зв'язування з РНК. Локалізований у ядрі.

Література

Matunis M.J., Xing J., Dreyfuss G. (1994). The hnRNP F protein: unique primary structure, nucleic acid-binding properties, and subcellular localization. Nucleic Acids Res. 22: 1059—1067. PMID 7512260 DOI:10.1093/nar/22.6.1059
The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
Jurica M.S., Licklider L.J., Gygi S.P., Grigorieff N., Moore M.J. (2002). Purification and characterization of native spliceosomes suitable for three-dimensional structural analysis. RNA. 8: 426—439. PMID 11991638 DOI:10.1017/S1355838202021088
Hendriks I.A., Treffers L.W., Verlaan-de Vries M., Olsen J.V., Vertegaal A.C. (2015). SUMO-2 orchestrates chromatin modifiers in response to DNA damage. Cell Rep. 10: 1778—1791. PMID 25772364 DOI:10.1016/j.celrep.2015.02.033
Dominguez C., Allain F.H. (2006). NMR structure of the three quasi RNA recognition motifs (qRRMs) of human hnRNP F and interaction studies with Bcl-x G-tract RNA: a novel mode of RNA recognition. Nucleic Acids Res. 34: 3634—3645. PMID 16885237 DOI:10.1093/nar/gkl488
Dominguez C., Fisette J.F., Chabot B., Allain F.H. (2010). Structural basis of G-tract recognition and encaging by hnRNP F quasi-RRMs. Nat. Struct. Mol. Biol. 17: 853—861. PMID 20526337 DOI:10.1038/nsmb.1814

Примітки

↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:5039 (англ.) . Процитовано 28 лютого 2017.
↑ UniProt, P52597 (англ.) . Архів оригіналу за 24 жовтня 2016. Процитовано 28 лютого 2017.