LDB1

Наявні структури

Пошук ортологів: PDBe RCSB

Список кодів PDB
2XJY, 2XJZ, 2YPA

Ідентифікатори

Символи

LDB1, CLIM2, NLI, CLIM-2, LDB-1, LIM domain binding 1

Зовнішні ІД

OMIM: 603451 MGI: 894762 HomoloGene: 2891 GeneCards: LDB1

Онтологія гена
Молекулярна функція	• DNA binding • protein homodimerization activity • GO:0001106 transcription corepressor activity • LIM domain binding • chromatin binding • protein self-association • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • GO:0001158 cis-regulatory region sequence-specific DNA binding • enzyme binding • GO:0001104 transcription coregulator activity
Клітинна компонента	• transcription regulator complex • клітинне ядро • cell leading edge • нуклеоплазма • beta-catenin-TCF complex • GO:0009327 protein-containing complex
Біологічний процес	• hair follicle development • transcription-dependent tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery • epithelial structure maintenance • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • positive regulation of hemoglobin biosynthetic process • somatic stem cell population maintenance • GO:0044324, GO:0003256, GO:1901213, GO:0046019, GO:0046020, GO:1900094, GO:0061216, GO:0060994, GO:1902064, GO:0003258, GO:0072212 regulation of transcription by RNA polymerase II • gastrulation with mouth forming second • cerebellar Purkinje cell differentiation • regulation of DNA-templated transcription, elongation • head development • histone H3-K4 acetylation • Wnt signaling pathway • transcription by RNA polymerase II • transcription, DNA-templated • cerebellum development • negative regulation of erythrocyte differentiation • multicellular organism development • neuron differentiation • anterior/posterior axis specification • cellular component assembly • GO:0045996 negative regulation of transcription, DNA-templated • GO:0003257, GO:0010735, GO:1901228, GO:1900622, GO:1904488 positive regulation of transcription by RNA polymerase II • positive regulation of cell adhesion • regulation of focal adhesion assembly • regulation of cell migration • regulation of kinase activity • regulation of hematopoietic stem cell differentiation • GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II
Джерела:Amigo / QuickGO

Шаблон експресії

Більше даних

Ортологи

Види

Людина

Миша

Entrez


8861


16825

Ensembl


ENSG00000198728


ENSMUSG00000025223

UniProt


Q86U70


P70662

RefSeq (мРНК)


NM_001113407 NM_003893 NM_001321612


NM_001113408 NM_010697 NM_001360336

RefSeq (білок)


NP_001106878 NP_001308541 NP_003884


NP_001106879 NP_034827 NP_001347265

Локус (UCSC)

Хр. 10: 102.11 – 102.12 Mb

Хр. 19: 46.02 – 46.03 Mb

PubMed search

^[1]

^[2]

Вікідані

Див./Ред. для людей

Див./Ред. для мишей

LDB1 (англ. LIM domain binding 1) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 10-ї хромосоми.^[3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 411 амінокислот, а молекулярна маса — 46 533^[4].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MSVGCACPGC	SSKSFKLYSP	KEPPNGNAFP	PFHPGTMLDR	DVGPTPMYPP
TYLEPGIGRH	TPYGNQTDYR	IFELNKRLQN	WTEECDNLWW	DAFTTEFFED
DAMLTITFCL	EDGPKRYTIG	RTLIPRYFRS	IFEGGATELY	YVLKHPKEAF
HSNFVSLDCD	QGSMVTQHGK	PMFTQVCVEG	RLYLEFMFDD	MMRIKTWHFS
IRQHRELIPR	SILAMHAQDP	QMLDQLSKNI	TRCGLSNSTL	NYLRLCVILE
PMQELMSRHK	TYSLSPRDCL	KTCLFQKWQR	MVAPPAEPTR	QQPSKRRKRK
MSGGSTMSSG	GGNTNNSNSK	KKSPASTFAL	SSQVPDVMVV	GEPTLMGGEF
GDEDERLITR	LENTQFDAAN	GIDDEDSFNN	SPALGANSPW	NSKPPSSQES
KSENPTSQAS	Q

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до білків розвитку, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як ацетилювання, альтернативний сплайсинг. Локалізований у ядрі.

Література

Semina E.V., Altherr M.R., Murray J.C. (1998). Cloning and chromosomal localization of two novel human genes encoding LIM-domain binding factors CLIM1 and CLIM2/LDB1/NLI. Mamm. Genome. 9: 921—924. PMID 9799849 DOI:10.1007/s003359900899
The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504

Примітки

↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:6532 (англ.) . Процитовано 8 вересня 2017.
↑ UniProt, Q86U70 (англ.) . Архів оригіналу за 19 жовтня 2017. Процитовано 8 вересня 2017.