LSM1 : Література, Примітки, Див. також Вікіпедія

LSM1

Ідентифікатори

Символи

LSM1, CASM, YJL124C, LSM1 homolog, mRNA degradation associated

Зовнішні ІД

OMIM: 607281 MGI: 1914457 HomoloGene: 40945 GeneCards: LSM1

Онтологія гена
Молекулярна функція	• GO:0001948, GO:0016582 protein binding • RNA cap binding • pre-mRNA binding • mRNA binding • RNA binding
Клітинна компонента	• гіалоплазма • P-body • messenger ribonucleoprotein complex • аксон • neuronal cell body • дендрит (нейробіологія) • клітинне ядро • цитоплазма • mRNA cap binding complex • Lsm1-7-Pat1 complex
Біологічний процес	• negative regulation of neuron differentiation • deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA • RNA splicing, via transesterification reactions • mRNA processing • stem cell population maintenance • Сплайсинг РНК • exonucleolytic catabolism of deadenylated mRNA • histone mRNA catabolic process • nuclear-transcribed mRNA catabolic process • RNA metabolic process
Джерела:Amigo / QuickGO

Шаблон експресії

Більше даних

Ортологи

Види

Людина

Миша

Entrez


27257


67207

Ensembl


н/д


ENSMUSG00000037296

UniProt


O15116


Q8VC85

RefSeq (мРНК)


NM_014462


NM_026032

RefSeq (білок)


NP_055277


NP_080308

Локус (UCSC)

н/д

Хр. 8: 26.28 – 26.29 Mb

PubMed search

^[1]

^[2]

Вікідані

Див./Ред. для людей

Див./Ред. для мишей

LSM1 (англ. LSM1 homolog, mRNA degradation associated) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 8-ї хромосоми.^[3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 133 амінокислот, а молекулярна маса — 15 179^[4].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MNYMPGTASL	IEDIDKKHLV	LLRDGRTLIG	FLRSIDQFAN	LVLHQTVERI
HVGKKYGDIP	RGIFVVRGEN	VVLLGEIDLE	KESDTPLQQV	SIEEILEEQR
VEQQTKLEAE	KLKVQALKDR	GLSIPRADTL	DEY

A: Аланін
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до рибонуклеопротеїнів, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як процесинг мРНК, сплайсинг мРНК. Білок має сайт для зв'язування з РНК. Локалізований у цитоплазмі.

Література

Salgado-Garrido J., Bragado-Nilsson E., Kandels-Lewis S., Seraphin B. (1999). Sm and Sm-like proteins assemble in two related complexes of deep evolutionary origin. EMBO J. 18: 3451—3462. PMID 10369684 DOI:10.1093/emboj/18.12.3451
The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
Mullen T.E., Marzluff W.F. (2008). Degradation of histone mRNA requires oligouridylation followed by decapping and simultaneous degradation of the mRNA both 5' to 3' and 3' to 5'. Genes Dev. 22: 50—65. PMID 18172165 DOI:10.1101/gad.1622708

Примітки

↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:20472 (англ.) . Архів оригіналу за 15 травня 2017. Процитовано 7 вересня 2017.
↑ UniProt, O15116 (англ.) . Архів оригіналу за 14 липня 2017. Процитовано 7 вересня 2017.