LSM6 : Література, Примітки, Див. також Вікіпедія

LSM6

Наявні структури

Пошук ортологів: PDBe RCSB

Список кодів PDB
3JCR

Ідентифікатори

Символи

LSM6, YDR378C, LSM6 homolog, U6 small nuclear RNA and mRNA degradation associated

Зовнішні ІД

OMIM: 607286 MGI: 1925901 HomoloGene: 38271 GeneCards: LSM6

Онтологія гена
Молекулярна функція	• GO:0001948, GO:0016582 protein binding • RNA binding
Клітинна компонента	• цитоплазма • гіалоплазма • нуклеоплазма • small nuclear ribonucleoprotein complex • spliceosomal complex • екзосома • клітинне ядро • P-body • U6 snRNP • ядерце • sno(s)RNA-containing ribonucleoprotein complex • U4/U6 x U5 tri-snRNP complex • U2-type precatalytic spliceosome • Lsm2-8 complex
Біологічний процес	• tRNA processing • mRNA processing • Сплайсинг РНК • exonucleolytic catabolism of deadenylated mRNA • rRNA processing • mRNA splicing, via spliceosome • maturation of SSU-rRNA
Джерела:Amigo / QuickGO

Шаблон експресії

Більше даних

Ортологи

Види

Людина

Миша

Entrez


11157


78651

Ensembl


ENSG00000164167


ENSMUSG00000031683

UniProt


P62312


P62313

RefSeq (мРНК)


NM_007080


NM_001191004 NM_030145

RefSeq (білок)


NP_009011


NP_001177933 NP_084421

Локус (UCSC)

Хр. 4: 146.18 – 146.2 Mb

Хр. 8: 79.53 – 79.55 Mb

PubMed search

^[1]

^[2]

Вікідані

Див./Ред. для людей

Див./Ред. для мишей

LSM6 (англ. LSM6 homolog, U6 small nuclear RNA and mRNA degradation associated) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 4-ї хромосоми. ^[3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 80 амінокислот, а молекулярна маса — 9 128^[4].

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MSLRKQTPSD		FLKQIIGRPV		VVKLNSGVDY		RGVLACLDGY		MNIALEQTEE
YVNGQLKNKY		GDAFIRGNNV		LYISTQKRRM

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функцією належить до рибонуклеопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах як процесінг мРНК, сплайсінг мРНК, процесинг рРНК, процесинг тРНК, ацетиляція. Білок має сайт для зв'язування з РНК. Локалізований у цитоплазмі, ядрі.

Література

Salgado-Garrido J., Bragado-Nilsson E., Kandels-Lewis S., Seraphin B. (1999). Sm and Sm-like proteins assemble in two related complexes of deep evolutionary origin. EMBO J. 18: 3451—3462. PMID 10369684 DOI:10.1093/emboj/18.12.3451
The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
Ingelfinger D., Arndt-Jovin D.J., Luehrmann R., Achsel T. (2002). The human LSm1-7 proteins colocalize with the mRNA-degrading enzymes Dcp1/2 and Xrnl in distinct cytoplasmic foci. RNA. 8: 1489—1501. PMID 12515382

Примітки

↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:17017 (англ.) . Процитовано 30 серпня 2017.
↑ UniProt, P62312 (англ.) . Архів оригіналу за 15 вересня 2016. Процитовано 30 серпня 2017.