PRPF4

Наявні структури

Пошук ортологів: PDBe RCSB

Список кодів PDB
1MZW, 3JCR

Ідентифікатори

Символи

PRPF4, HPRP4, HPRP4P, PRP4, Prp4p, RP70, SNRNP60, pre-mRNA processing factor 4

Зовнішні ІД

OMIM: 607795 MGI: 1917302 HomoloGene: 3446 GeneCards: PRPF4

Пов'язані генетичні захворювання

retinitis pigmentosa 70^[1]

Онтологія гена
Молекулярна функція	• U4 snRNA binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • U6 snRNA binding
Клітинна компонента	• Тільце Кахаля • nuclear speck • spliceosomal complex • spliceosomal snRNP complex • U4/U6 snRNP • нуклеоплазма • U4/U6 x U5 tri-snRNP complex • клітинне ядро • U2-type precatalytic spliceosome
Біологічний процес	• RNA splicing, via transesterification reactions • mRNA processing • GO:0033168, GO:0036404, GO:1902360 RNA processing • Сплайсинг РНК • mRNA splicing, via spliceosome
Джерела:Amigo / QuickGO

Шаблон експресії

Більше даних

Ортологи

Види

Людина

Миша

Entrez


9128


70052

Ensembl


ENSG00000136875


ENSMUSG00000066148

UniProt


O43172


Q9DAW6

RefSeq (мРНК)


NM_001244926 NM_004697 NM_001322266 NM_001322267


NM_027297

RefSeq (білок)


NP_001231855 NP_001309195 NP_001309196 NP_004688


NP_081573

Локус (UCSC)

Хр. 9: 113.28 – 113.29 Mb

Хр. 4: 62.33 – 62.35 Mb

PubMed search

^[2]

^[3]

Вікідані

Див./Ред. для людей

Див./Ред. для мишей

PRPF4 (англ. Pre-mRNA processing factor 4) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 9-ї хромосоми.^[4] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 522 амінокислот, а молекулярна маса — 58 449^[5].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MASSRASSTQ	ATKTKAPDDL	VAPVVKKPHI	YYGSLEEKER	ERLAKGESGI
LGKDGLKAGI	EAGNINITSG	EVFEIEEHIS	ERQAEVLAEF	ERRKRARQIN
VSTDDSEVKA	CLRALGEPIT	LFGEGPAERR	ERLRNILSVV	GTDALKKTKK
DDEKSKKSKE	EYQQTWYHEG	PNSLKVARLW	IANYSLPRAM	KRLEEARLHK
EIPETTRTSQ	MQELHKSLRS	LNNFCSQIGD	DRPISYCHFS	PNSKMLATAC
WSGLCKLWSV	PDCNLLHTLR	GHNTNVGAIV	FHPKSTVSLD	PKDVNLASCA
ADGSVKLWSL	DSDEPVADIE	GHTVRVARVM	WHPSGRFLGT	TCYDRSWRLW
DLEAQEEILH	QEGHSMGVYD	IAFHQDGSLA	GTGGLDAFGR	VWDLRTGRCI
MFLEGHLKEI	YGINFSPNGY	HIATGSGDNT	CKVWDLRQRR	CVYTIPAHQN
LVTGVKFEPI	HGNFLLTGAY	DNTAKIWTHP	GWSPLKTLAG	HEGKVMGLDI
SSDGQLIATC	SYDRTFKLWM	AE

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Задіяний у таких біологічних процесах, як процесинг мРНК, сплайсинг мРНК, ацетилювання, альтернативний сплайсинг. Локалізований у ядрі.

Література

The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
Horowitz D.S., Krainer A.R. (1997). A human protein required for the second step of pre-mRNA splicing is functionally related to a yeast splicing factor. Genes Dev. 11: 139—151. PMID 9000057 DOI:10.1101/gad.11.1.139
Liu S., Rauhut R., Vornlocher H.-P., Luehrmann R. (2006). The network of protein-protein interactions within the human U4/U6.U5 tri-snRNP. RNA. 12: 1418—1430. PMID 16723661 DOI:10.1261/rna.55406
Horowitz D.S., Kobayashi R., Krainer A.R. (1997). A new cyclophilin and the human homologues of yeast Prp3 and Prp4 form a complex associated with U4/U6 snRNPs. RNA. 3: 1374—1387. PMID 9404889

Примітки

↑ Захворювання, генетично пов'язані з PRPF4 переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.
↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:17349 (англ.) . Процитовано 8 вересня 2017.
↑ UniProt, O43172 (англ.) . Архів оригіналу за 8 серпня 2017. Процитовано 8 вересня 2017.