PUM1

Наявні структури

Пошук ортологів: PDBe RCSB

Список кодів PDB
1IB2, 1M8W, 1M8X, 1M8Y, 1M8Z, 2YJY, 3BSB, 3BSX, 3Q0L, 3Q0M, 3Q0N, 3Q0O, 3Q0P

Ідентифікатори

Символи

PUM1, HSPUM, PUMH, PUMH1, PUML1, pumilio RNA binding family member 1, SCA47

Зовнішні ІД

OMIM: 607204 MGI: 1931749 HomoloGene: 22830 GeneCards: PUM1

Пов'язані генетичні захворювання

spinocerebellar ataxia 47^[1]

Онтологія гена
Молекулярна функція	• mRNA 3'-UTR binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • RNA binding • miRNA binding
Клітинна компонента	• цитоплазма • P-body • cytoplasmic stress granule • клітинне ядро • нуклеоплазма • гіалоплазма • nuclear speck
Біологічний процес	• GO:1905616 regulation of gene silencing by miRNA • диференціація клітин • regulation of mRNA stability • adult locomotory behavior • GO:1905618 positive regulation of gene silencing by miRNA • stem cell differentiation • regulation of cell cycle • posttranscriptional gene silencing • regulation of chromosome segregation • positive regulation of RIG-I signaling pathway • mRNA destabilization • Сперматогенез • regulation of translation • posttranscriptional regulation of gene expression • production of miRNAs involved in gene silencing by miRNA
Джерела:Amigo / QuickGO

Шаблон експресії

Більше даних

Ортологи

Види

Людина

Миша

Entrez


9698


80912

Ensembl


ENSG00000134644


ENSMUSG00000028580

UniProt


Q14671


Q80U78

RefSeq (мРНК)


NM_014676 NM_001020658


NM_001159603 NM_001159604 NM_001159605 NM_001159606 NM_030722

RefSeq (білок)


NP_001018494 NP_055491

NP_001153075 NP_001153076 NP_001153077 NP_001153078 NP_109647
NP_001343493 NP_001343494 NP_001343495

Локус (UCSC)

Хр. 1: 30.93 – 31.07 Mb

н/д

PubMed search

^[2]

^[3]

Вікідані

Див./Ред. для людей

Див./Ред. для мишей

PUM1 (англ. Pumilio RNA binding family member 1) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 1-ї хромосоми. ^[4] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 1 186 амінокислот, а молекулярна маса — 126 473^[5].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MSVACVLKRK	AVLWQDSFSP	HLKHHPQEPA	NPNMPVVLTS	GTGSQAQPQP
AANQALAAGT	HSSPVPGSIG	VAGRSQDDAM	VDYFFQRQHG	EQLGGGGSGG
GGYNNSKHRW	PTGDNIHAEH	QVRSMDELNH	DFQALALEGR	AMGEQLLPGK
KFWETDESSK	DGPKGIFLGD	QWRDSAWGTS	DHSVSQPIMV	QRRPGQSFHV
NSEVNSVLSP	RSESGGLGVS	MVEYVLSSSP	GDSCLRKGGF	GPRDADSDEN
DKGEKKNKGT	FDGDKLGDLK	EEGDVMDKTN	GLPVQNGIDA	DVKDFSRTPG
NCQNSANEVD	LLGPNQNGSE	GLAQLTSTNG	AKPVEDFSNM	ESQSVPLDPM
EHVGMEPLQF	DYSGTQVPVD	SAAATVGLFD	YNSQQQLFQR	PNALAVQQLT
AAQQQQYALA	AAHQPHIGLA	PAAFVPNPYI	ISAAPPGTDP	YTAGLAAAAT
LGPAVVPHQY	YGVTPWGVYP	ASLFQQQAAA	AAAATNSANQ	QTTPQAQQGQ
QQVLRGGASQ	RPLTPNQNQQ	GQQTDPLVAA	AAVNSALAFG	QGLAAGMPGY
PVLAPAAYYD	QTGALVVNAG	ARNGLGAPVR	LVAPAPVIIS	SSAAQAAVAA
AAASANGAAG	GLAGTTNGPF	RPLGTQQPQP	QPQQQPNNNL	ASSSFYGNNS
LNSNSQSSSL	FSQGSAQPAN	TSLGFGSSSS	LGATLGSALG	GFGTAVANSN
TGSGSRRDSL	TGSSDLYKRT	SSSLTPIGHS	FYNGLSFSSS	PGPVGMPLPS
QGPGHSQTPP	PSLSSHGSSS	SLNLGGLTNG	SGRYISAAPG	AEAKYRSASS
ASSLFSPSST	LFSSSRLRYG	MSDVMPSGRS	RLLEDFRNNR	YPNLQLREIA
GHIMEFSQDQ	HGSRFIQLKL	ERATPAERQL	VFNEILQAAY	QLMVDVFGNY
VIQKFFEFGS	LEQKLALAER	IRGHVLSLAL	QMYGCRVIQK	ALEFIPSDQQ
NEMVRELDGH	VLKCVKDQNG	NHVVQKCIEC	VQPQSLQFII	DAFKGQVFAL
STHPYGCRVI	QRILEHCLPD	QTLPILEELH	QHTEQLVQDQ	YGNYVIQHVL
EHGRPEDKSK	IVAEIRGNVL	VLSQHKFASN	VVEKCVTHAS	RTERAVLIDE
VCTMNDGPHS	ALYTMMKDQY	ANYVVQKMID	VAEPGQRKIV	MHKIRPHIAT
LRKYTYGKHI	LAKLEKYYMK	NGVDLGPICG	PPNGII

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функцією належить до фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах як регуляція трансляції, диференціація, сперматогенез, ацетиляція. Білок має сайт для зв'язування з РНК. Локалізований у цитоплазмі.

Література

Spassov D.S., Jurecic R. (2002). Cloning and comparative sequence analysis of PUM1 and PUM2 genes, human members of the Pumilio family of RNA-binding proteins. Gene. 299: 195—204. PMID 12459267 DOI:10.1016/S0378-1119(02)01060-0
The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
Leibovich L., Mandel-Gutfreund Y., Yakhini Z. (2010). A structural-based statistical approach suggests a cooperative activity of PUM1 and miR-410 in human 3'-untranslated regions. Silence. 1: 17—17. PMID 20860814 DOI:10.1186/1758-907X-1-17
Filipovska A., Razif M.F., Nygaard K.K., Rackham O. (2011). A universal code for RNA recognition by PUF proteins. Nat. Chem. Biol. 7: 425—427. PMID 21572425 DOI:10.1038/nchembio.577
Miles W.O., Tschop K., Herr A., Ji J.Y., Dyson N.J. (2012). Pumilio facilitates miRNA regulation of the E2F3 oncogene. Genes Dev. 26: 356—368. PMID 22345517 DOI:10.1101/gad.182568.111
Wang X., Zamore P.D., Hall T.M.T. (2001). Crystal structure of a Pumilio homology domain. Mol. Cell. 7: 855—865. PMID 11336708 DOI:10.1016/S1097-2765(01)00229-5

Примітки

↑ Захворювання, генетично пов'язані з PUM1 переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.
↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:14957 (англ.) . Процитовано 28 серпня 2017.
↑ UniProt, Q14671 (англ.) . Архів оригіналу за 7 жовтня 2017. Процитовано 28 серпня 2017.