SEC13

Наявні структури

Пошук ортологів: PDBe RCSB

Список кодів PDB
3BG0, 3BG1, 5A9Q

Ідентифікатори

Символи

SEC13, D3S1231E, SEC13L1, SEC13R, npp-20, SEC13 homolog, nuclear pore and COPII coat complex component

Зовнішні ІД

OMIM: 600152 MGI: 99832 HomoloGene: 6479 GeneCards: SEC13

Онтологія гена
Молекулярна функція	• GO:0001948, GO:0016582 protein binding • identical protein binding • structural molecule activity
Клітинна компонента	• endoplasmic reticulum membrane • внутрішньоклітинна мембранна органела • мембрана • nuclear envelope • ядерна пора • нуклеоплазма • GATOR2 complex • nuclear pore outer ring • ендоплазматичний ретикулум • ER to Golgi transport vesicle membrane • екзосома • GO:0016023 cytoplasmic vesicle • клітинне ядро • кінетохор • Golgi membrane • лізосома • lysosomal membrane • COPII vesicle coat • гіалоплазма • host cell
Біологічний процес	• mRNA transport • antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II • antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I • COPII vesicle coating • protein transport • intracellular protein transport • vesicle-mediated transport • positive regulation of TOR signaling • sister chromatid cohesion • COPII-coated vesicle cargo loading • GO:0015915 транспорт • protein exit from endoplasmic reticulum • COPII-coated vesicle budding • positive regulation of TORC1 signaling • regulation of glycolytic process • mRNA export from nucleus • tRNA export from nucleus • GO:0022415 viral process • viral transcription • GO:1905616 regulation of gene silencing by miRNA • GO:0046795 intracellular transport of virus • regulation of cellular response to heat
Джерела:Amigo / QuickGO

Шаблон експресії

Більше даних

Ортологи

Види

Людина

Миша

Entrez


6396


110379

Ensembl


ENSG00000157020


ENSMUSG00000030298

UniProt


P55735


Q9D1M0

RefSeq (мРНК)


NM_001136026 NM_001136232 NM_001278946 NM_030673 NM_183352


NM_024206

RefSeq (білок)


NP_001129498 NP_001129704 NP_001265875 NP_109598 NP_899195


NP_077168

Локус (UCSC)

Хр. 3: 10.29 – 10.32 Mb

Хр. 6: 113.71 – 113.72 Mb

PubMed search

^[1]

^[2]

Вікідані

Див./Ред. для людей

Див./Ред. для мишей

SEC13 (англ. SEC13 homolog, nuclear pore and COPII coat complex component) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 3-ї хромосоми. ^[3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 322 амінокислот, а молекулярна маса — 35 541^[4].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MVSVINTVDT	SHEDMIHDAQ	MDYYGTRLAT	CSSDRSVKIF	DVRNGGQILI
ADLRGHEGPV	WQVAWAHPMY	GNILASCSYD	RKVIIWREEN	GTWEKSHEHA
GHDSSVNSVC	WAPHDYGLIL	ACGSSDGAIS	LLTYTGEGQW	EVKKINNAHT
IGCNAVSWAP	AVVPGSLIDH	PSGQKPNYIK	RFASGGCDNL	IKLWKEEEDG
QWKEEQKLEA	HSDWVRDVAW	APSIGLPTST	IASCSQDGRV	FIWTCDDASS
NTWSPKLLHK	FNDVVWHVSW	SITANILAVS	GGDNKVTLWK	ESVDGQWVCI
SDVNKGQGSV	SASVTEGQQN	EQ

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функцією належить до фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах як транспорт, транспорт білків, транспорт мРНК, транслокація, транспорт між ендоплазматичним ретикулумом і апаратом Гольджі, поліморфізм, ацетиляція, альтернативний сплайсинг. Локалізований у ядрі, мембрані, ендоплазматичному ретикулумі, цитоплазматичних везикулах, лізосомі, комплексі ядерної пори.

Література

The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
Enninga J., Levay A., Fontoura B.M. (2003). Sec13 shuttles between the nucleus and the cytoplasm and stably interacts with Nup96 at the nuclear pore complex. Mol. Cell. Biol. 23: 7271—7284. PMID 14517296 DOI:10.1128/MCB.23.20.7271-7284.2003
Stankewich M.C., Stabach P.R., Morrow J.S. (2006). Human Sec31B: a family of new mammalian orthologues of yeast Sec31p that associate with the COPII coat. J. Cell Sci. 119: 958—969. PMID 16495487 DOI:10.1242/jcs.02751
Yamasaki A., Tani K., Yamamoto A., Kitamura N., Komada M. (2006). The Ca2+-binding protein ALG-2 is recruited to endoplasmic reticulum exit sites by Sec31A and stabilizes the localization of Sec31A. Mol. Biol. Cell. 17: 4876—4887. PMID 16957052 DOI:10.1091/mbc.E06-05-0444
Saxton R.A., Chantranupong L., Knockenhauer K.E., Schwartz T.U., Sabatini D.M. (2016). Mechanism of arginine sensing by CASTOR1 upstream of mTORC1. Nature. 536: 229—233. PMID 27487210 DOI:10.1038/nature19079
Hsia K.C., Stavropoulos P., Blobel G., Hoelz A. (2007). Architecture of a coat for the nuclear pore membrane. Cell. 131: 1313—1326. PMID 18160040 DOI:10.1016/j.cell.2007.11.038

Примітки

↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:10697 (англ.) . Архів оригіналу за 25 червня 2017. Процитовано 30 серпня 2017.
↑ UniProt, P55735 (англ.) . Архів оригіналу за 7 липня 2017. Процитовано 30 серпня 2017.