SMG5

Наявні структури

Пошук ортологів: PDBe RCSB

Список кодів PDB
2HWY

Ідентифікатори

Символи

SMG5, EST1B, LPTS-RP1, LPTSRP1, SMG-5, nonsense mediated mRNA decay factor, SMG5 nonsense mediated mRNA decay factor

Зовнішні ІД

OMIM: 610962 MGI: 2447364 HomoloGene: 9095 GeneCards: SMG5

Онтологія гена
Молекулярна функція	• protein phosphatase 2A binding • histone deacetylase binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • telomeric DNA binding • ubiquitin protein ligase binding • ribonuclease activity • ribonucleoprotein complex binding • telomerase RNA binding
Клітинна компонента	• цитоплазма • гіалоплазма • клітинне ядро • telomerase holoenzyme complex
Біологічний процес	• regulation of dephosphorylation • nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay • mRNA export from nucleus • regulation of telomere maintenance • regulation of telomere maintenance via telomerase • regulation of RNA stability • RNA phosphodiester bond hydrolysis • telomere maintenance via telomerase
Джерела:Amigo / QuickGO

Шаблон експресії

Більше даних

Ортологи

Види

Людина

Миша

Entrez


23381


229512

Ensembl


ENSG00000198952


ENSMUSG00000001415

UniProt


Q9UPR3


Q6ZPY2

RefSeq (мРНК)


NM_015327 NM_001323614 NM_001323615 NM_001323616 NM_001323617


NM_173188 NM_178246

RefSeq (білок)


NP_001310543 NP_001310544 NP_001310545 NP_001310546 NP_056142


NP_839977

Локус (UCSC)

Хр. 1: 156.25 – 156.28 Mb

Хр. 3: 88.24 – 88.27 Mb

PubMed search

^[1]

^[2]

Вікідані

Див./Ред. для людей

Див./Ред. для мишей

SMG5 (англ. SMG5, nonsense mediated mRNA decay factor) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 1-ї хромосоми. ^[3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 1 016 амінокислот, а молекулярна маса — 113 928^[4].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MSQGPPTGES	SEPEAKVLHT	KRLYRAVVEA	VHRLDLILCN	KTAYQEVFKP
ENISLRNKLR	ELCVKLMFLH	PVDYGRKAEE	LLWRKVYYEV	IQLIKTNKKH
IHSRSTLECA	YRTHLVAGIG	FYQHLLLYIQ	SHYQLELQCC	IDWTHVTDPL
IGCKKPVSAS	GKEMDWAQMA	CHRCLVYLGD	LSRYQNELAG	VDTELLAERF
YYQALSVAPQ	IGMPFNQLGT	LAGSKYYNVE	AMYCYLRCIQ	SEVSFEGAYG
NLKRLYDKAA	KMYHQLKKCE	TRKLSPGKKR	CKDIKRLLVN	FMYLQSLLQP
KSSSVDSELT	SLCQSVLEDF	NLCLFYLPSS	PNLSLASEDE	EEYESGYAFL
PDLLIFQMVI	ICLMCVHSLE	RAGSKQYSAA	IAFTLALFSH	LVNHVNIRLQ
AELEEGENPV	PAFQSDGTDE	PESKEPVEKE	EEPDPEPPPV	TPQVGEGRKS
RKFSRLSCLR	RRRHPPKVGD	DSDLSEGFES	DSSHDSARAS	EGSDSGSDKS
LEGGGTAFDA	ETDSEMNSQE	SRSDLEDMEE	EEGTRSPTLE	PPRGRSEAPD
SLNGPLGPSE	ASIASNLQAM	STQMFQTKRC	FRLAPTFSNL	LLQPTTNPHT
SASHRPCVNG	DVDKPSEPAS	EEGSESEGSE	SSGRSCRNER	SIQEKLQVLM
AEGLLPAVKV	FLDWLRTNPD	LIIVCAQSSQ	SLWNRLSVLL	NLLPAAGELQ
ESGLALCPEV	QDLLEGCELP	DLPSSLLLPE	DMALRNLPPL	RAAHRRFNFD
TDRPLLSTLE	ESVVRICCIR	SFGHFIARLQ	GSILQFNPEV	GIFVSIAQSE
QESLLQQAQA	QFRMAQEEAR	RNRLMRDMAQ	LRLQLEVSQL	EGSLQQPKAQ
SAMSPYLVPD	TQALCHHLPV	IRQLATSGRF	IVIIPRTVID	GLDLLKKEHP
GARDGIRYLE	AEFKKGNRYI	RCQKEVGKSF	ERHKLKRQDA	DAWTLYKILD
SCKQLTLAQG	AGEEDPSGMV	TIITGLPLDN	PSVLSGPMQA	ALQAAAHASV
DIKNVLDFYK	QWKEIG

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функцією належить до фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах як поліморфізм, ацетиляція. Локалізований у цитоплазмі, ядрі.

Література

The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
Unterholzner L., Izaurralde E. (2004). SMG7 acts as a molecular link between mRNA surveillance and mRNA decay. Mol. Cell. 16: 587—596. PMID 15546618 DOI:10.1016/j.molcel.2004.10.013
Glavan F., Behm-Ansmant I., Izaurralde E., Conti E. (2006). Structures of the PIN domains of SMG6 and SMG5 reveal a nuclease within the mRNA surveillance complex. EMBO J. 25: 5117—5125. PMID 17053788 DOI:10.1038/sj.emboj.7601377

Примітки

↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:24644 (англ.) . Архів оригіналу за 10 вересня 2015. Процитовано 28 серпня 2017.
↑ UniProt, Q9UPR3 (англ.) . Архів оригіналу за 1 лютого 2017. Процитовано 28 серпня 2017.