SMG5 |
---|
![](//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/6/65/Protein_SMG5_PDB_2hwy.png/250px-Protein_SMG5_PDB_2hwy.png) |
Наявні структури |
---|
PDB | Пошук ортологів: PDBe RCSB | | |
Ідентифікатори |
---|
Символи | SMG5, EST1B, LPTS-RP1, LPTSRP1, SMG-5, nonsense mediated mRNA decay factor, SMG5 nonsense mediated mRNA decay factor |
---|
Зовнішні ІД | OMIM: 610962 MGI: 2447364 HomoloGene: 9095 GeneCards: SMG5 |
---|
Онтологія гена |
---|
Молекулярна функція | • protein phosphatase 2A binding • histone deacetylase binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • telomeric DNA binding • ubiquitin protein ligase binding • ribonuclease activity • ribonucleoprotein complex binding • telomerase RNA binding |
---|
Клітинна компонента | • цитоплазма • гіалоплазма • клітинне ядро • telomerase holoenzyme complex |
---|
Біологічний процес | • regulation of dephosphorylation • nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay • mRNA export from nucleus • regulation of telomere maintenance • regulation of telomere maintenance via telomerase • regulation of RNA stability • RNA phosphodiester bond hydrolysis • telomere maintenance via telomerase |
---|
Джерела:Amigo / QuickGO | |
Шаблон експресії |
---|
![](//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/a/a9/PBB_GE_SMG5_212147_at_fs.png/250px-PBB_GE_SMG5_212147_at_fs.png)
![](//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/9/9a/PBB_GE_SMG5_34868_at_fs.png/250px-PBB_GE_SMG5_34868_at_fs.png) |
Більше даних |
Ортологи |
---|
Види | Людина | Миша |
---|
Entrez | | |
---|
Ensembl | | |
---|
UniProt | | |
---|
RefSeq (мРНК) | | NM_015327 NM_001323614 NM_001323615 NM_001323616 NM_001323617 |
| |
---|
RefSeq (білок) | | NP_001310543 NP_001310544 NP_001310545 NP_001310546 NP_056142 |
| |
---|
Локус (UCSC) | Хр. 1: 156.25 – 156.28 Mb | Хр. 3: 88.24 – 88.27 Mb |
---|
PubMed search | [1] | [2] |
---|
Вікідані |
Див./Ред. для людей | Див./Ред. для мишей |
|
SMG5 (англ. SMG5, nonsense mediated mRNA decay factor) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 1-ї хромосоми. [3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 1 016 амінокислот, а молекулярна маса — 113 928[4].
Послідовність амінокислот
10 | | 20 | | 30 | | 40 | | 50 |
MSQGPPTGES | | SEPEAKVLHT | | KRLYRAVVEA | | VHRLDLILCN | | KTAYQEVFKP |
ENISLRNKLR | | ELCVKLMFLH | | PVDYGRKAEE | | LLWRKVYYEV | | IQLIKTNKKH |
IHSRSTLECA | | YRTHLVAGIG | | FYQHLLLYIQ | | SHYQLELQCC | | IDWTHVTDPL |
IGCKKPVSAS | | GKEMDWAQMA | | CHRCLVYLGD | | LSRYQNELAG | | VDTELLAERF |
YYQALSVAPQ | | IGMPFNQLGT | | LAGSKYYNVE | | AMYCYLRCIQ | | SEVSFEGAYG |
NLKRLYDKAA | | KMYHQLKKCE | | TRKLSPGKKR | | CKDIKRLLVN | | FMYLQSLLQP |
KSSSVDSELT | | SLCQSVLEDF | | NLCLFYLPSS | | PNLSLASEDE | | EEYESGYAFL |
PDLLIFQMVI | | ICLMCVHSLE | | RAGSKQYSAA | | IAFTLALFSH | | LVNHVNIRLQ |
AELEEGENPV | | PAFQSDGTDE | | PESKEPVEKE | | EEPDPEPPPV | | TPQVGEGRKS |
RKFSRLSCLR | | RRRHPPKVGD | | DSDLSEGFES | | DSSHDSARAS | | EGSDSGSDKS |
LEGGGTAFDA | | ETDSEMNSQE | | SRSDLEDMEE | | EEGTRSPTLE | | PPRGRSEAPD |
SLNGPLGPSE | | ASIASNLQAM | | STQMFQTKRC | | FRLAPTFSNL | | LLQPTTNPHT |
SASHRPCVNG | | DVDKPSEPAS | | EEGSESEGSE | | SSGRSCRNER | | SIQEKLQVLM |
AEGLLPAVKV | | FLDWLRTNPD | | LIIVCAQSSQ | | SLWNRLSVLL | | NLLPAAGELQ |
ESGLALCPEV | | QDLLEGCELP | | DLPSSLLLPE | | DMALRNLPPL | | RAAHRRFNFD |
TDRPLLSTLE | | ESVVRICCIR | | SFGHFIARLQ | | GSILQFNPEV | | GIFVSIAQSE |
QESLLQQAQA | | QFRMAQEEAR | | RNRLMRDMAQ | | LRLQLEVSQL | | EGSLQQPKAQ |
SAMSPYLVPD | | TQALCHHLPV | | IRQLATSGRF | | IVIIPRTVID | | GLDLLKKEHP |
GARDGIRYLE | | AEFKKGNRYI | | RCQKEVGKSF | | ERHKLKRQDA | | DAWTLYKILD |
SCKQLTLAQG | | AGEEDPSGMV | | TIITGLPLDN | | PSVLSGPMQA | | ALQAAAHASV |
DIKNVLDFYK | | QWKEIG |
Кодований геном білок за функцією належить до фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах як поліморфізм, ацетиляція. Локалізований у цитоплазмі, ядрі.
Література
- The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
- Unterholzner L., Izaurralde E. (2004). SMG7 acts as a molecular link between mRNA surveillance and mRNA decay. Mol. Cell. 16: 587—596. PMID 15546618 DOI:10.1016/j.molcel.2004.10.013
- Glavan F., Behm-Ansmant I., Izaurralde E., Conti E. (2006). Structures of the PIN domains of SMG6 and SMG5 reveal a nuclease within the mRNA surveillance complex. EMBO J. 25: 5117—5125. PMID 17053788 DOI:10.1038/sj.emboj.7601377
Примітки
- ↑ Human PubMed Reference:.
- ↑ Mouse PubMed Reference:.
- ↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:24644 (англ.) . Архів оригіналу за 10 вересня 2015. Процитовано 28 серпня 2017.
- ↑ UniProt, Q9UPR3 (англ.) . Архів оригіналу за 1 лютого 2017. Процитовано 28 серпня 2017.
Див. також
| Це незавершена стаття про білки. Ви можете допомогти проєкту, виправивши або дописавши її. |
Портал «Біологія» Портал «Хімія» |
На цю статтю не посилаються інші статті Вікіпедії. Будь ласка розставте посилання відповідно до прийнятих рекомендацій. |