SPDEF

Наявні структури

Пошук ортологів: PDBe RCSB

Список кодів PDB
2DKX

Ідентифікатори

Символи

SPDEF, PDEF, bA375E1.3, SAM pointed domain containing ETS transcription factor

Зовнішні ІД

OMIM: 608144 MGI: 1353422 HomoloGene: 8231 GeneCards: SPDEF

Онтологія гена
Молекулярна функція	• GO:0001131, GO:0001151, GO:0001130, GO:0001204 DNA-binding transcription factor activity • DNA binding • GO:0001078, GO:0001214, GO:0001206 DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific • sequence-specific DNA binding • GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific
Клітинна компонента	• клітинне ядро
Біологічний процес	• multicellular organism development • диференціація клітин • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II • negative regulation of cell fate commitment • lung goblet cell differentiation • intestinal epithelial cell development • transcription, DNA-templated • positive regulation of cell fate commitment • GO:0003257, GO:0010735, GO:1901228, GO:1900622, GO:1904488 positive regulation of transcription by RNA polymerase II • positive regulation of apoptotic process • GO:0044324, GO:0003256, GO:1901213, GO:0046019, GO:0046020, GO:1900094, GO:0061216, GO:0060994, GO:1902064, GO:0003258, GO:0072212 regulation of transcription by RNA polymerase II
Джерела:Amigo / QuickGO

Шаблон експресії

Більше даних

Ортологи

Види

Людина

Миша

Entrez


25803


30051

Ensembl


ENSG00000124664


ENSMUSG00000024215

UniProt


O95238


Q9WTP3

RefSeq (мРНК)


NM_001252294 NM_012391


NM_013891 NM_001357728

RefSeq (білок)


NP_001239223 NP_036523


NP_038919 NP_001344657

Локус (UCSC)

Хр. 6: 34.54 – 34.56 Mb

Хр. 17: 27.93 – 27.95 Mb

PubMed search

^[1]

^[2]

Вікідані

Див./Ред. для людей

Див./Ред. для мишей

SPDEF (англ. SAM pointed domain containing ETS transcription factor) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 6-ї хромосоми.^[3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 335 амінокислот, а молекулярна маса — 37 518^[4].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MGSASPGLSS	VSPSHLLLPP	DTVSRTGLEK	AAAGAVGLER	RDWSPSPPAT
PEQGLSAFYL	SYFDMLYPED	SSWAAKAPGA	SSREEPPEEP	EQCPVIDSQA
PAGSLDLVPG	GLTLEEHSLE	QVQSMVVGEV	LKDIETACKL	LNITADPMDW
SPSNVQKWLL	WTEHQYRLPP	MGKAFQELAG	KELCAMSEEQ	FRQRSPLGGD
VLHAHLDIWK	SAAWMKERTS	PGAIHYCAST	SEESWTDSEV	DSSCSGQPIH
LWQFLKELLL	KPHSYGRFIR	WLNKEKGIFK	IEDSAQVARL	WGIRKNRPAM
NYDKLSRSIR	QYYKKGIIRK	PDISQRLVYQ	FVHPI

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функцією належить до активаторів. Задіяний у таких біологічних процесах, як транскрипція, регуляція транскрипції, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з ДНК. Локалізований у ядрі.

Література

Yamada N., Tamai Y., Miyamoto H., Nozaki M. (2000). Cloning and expression of the mouse Pse gene encoding a novel Ets family member. Gene. 241: 267—274. PMID 10675039 DOI:10.1016/S0378-1119(99)00484-9
The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
Chen H., Nandi A.K., Li X., Bieberich C.J. (2002). NKX-3.1 interacts with prostate-derived Ets factor and regulates the activity of the PSA promoter. Cancer Res. 62: 338—340. PMID 11809674

Примітки

↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:17257 (англ.) . Процитовано 6 вересня 2017.
↑ UniProt, O95238 (англ.) . Архів оригіналу за 22 жовтня 2016. Процитовано 6 вересня 2017.