TDP2

Наявні структури

Пошук ортологів: PDBe RCSB

Список кодів PDB
5J3S, 5INO, 5J3P

Ідентифікатори

Символи

TDP2, AD022, EAP2, EAPII, TTRAP, dJ30M3.3, htyrosyl-DNA phosphodiesterase 2

Зовнішні ІД

OMIM: 605764 MGI: 1860486 HomoloGene: 9591 GeneCards: TDP2

Пов'язані генетичні захворювання

autosomal recessive cerebellar ataxia-epilepsy-intellectual disability syndrome due to TUD deficiency^[1]

Онтологія гена
Молекулярна функція	• зв'язування з іоном металу • single-stranded DNA binding • nuclease activity • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • 5'-tyrosyl-DNA phosphodiesterase activity • manganese ion binding • GO:0001106 transcription corepressor activity • magnesium ion binding • tyrosyl-RNA phosphodiesterase activity • hydrolase activity
Клітинна компонента	• цитоплазма • PML body • ядерце • клітинне ядро • нуклеоплазма • aggresome • ядерні тільця
Біологічний процес	• cell surface receptor signaling pathway • double-strand break repair • GO:0100026 Репарація ДНК • nucleic acid phosphodiester bond hydrolysis • cellular response to DNA damage stimulus • negative regulation of nucleic acid-templated transcription • neuron development
Джерела:Amigo / QuickGO

Шаблон експресії

Більше даних

Ортологи

Види

Людина

Миша

Entrez


51567


56196

Ensembl


ENSG00000111802


ENSMUSG00000035958

UniProt


O95551


Q9JJX7

RefSeq (мРНК)


NM_016614


NM_019551

RefSeq (білок)


NP_057698


NP_062424

Локус (UCSC)

Хр. 6: 24.65 – 24.67 Mb

Хр. 13: 25.02 – 25.03 Mb

PubMed search

^[2]

^[3]

Вікідані

Див./Ред. для людей

Див./Ред. для мишей

TDP2 (англ. Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 2) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 6-ї хромосоми.^[4] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 362 амінокислот, а молекулярна маса — 40 930^[5].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MELGSCLEGG	REAAEEEGEP	EVKKRRLLCV	EFASVASCDA	AVAQCFLAEN
DWEMERALNS	YFEPPVEESA	LERRPETISE	PKTYVDLTNE	ETTDSTTSKI
SPSEDTQQEN	GSMFSLITWN	IDGLDLNNLS	ERARGVCSYL	ALYSPDVIFL
QEVIPPYYSY	LKKRSSNYEI	ITGHEEGYFT	AIMLKKSRVK	LKSQEIIPFP
STKMMRNLLC	VHVNVSGNEL	CLMTSHLEST	RGHAAERMNQ	LKMVLKKMQE
APESATVIFA	GDTNLRDREV	TRCGGLPNNI	VDVWEFLGKP	KHCQYTWDTQ
MNSNLGITAA	CKLRFDRIFF	RAAAEEGHII	PRSLDLLGLE	KLDCGRFPSD
HWGLLCNLDI	IL

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до гідролаз, нуклеаз, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як пошкодження ДНК, репарація ДНК, ацетилювання, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з іонами металів, іоном магнію. Локалізований у цитоплазмі, ядрі.

Література

The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
Ledesma F.C., El Khamisy S.F., Zuma M.C., Osborn K., Caldecott K.W. (2009). A human 5'-tyrosyl DNA phosphodiesterase that repairs topoisomerase-mediated DNA damage. Nature. 461: 674—678. PMID 19794497 DOI:10.1038/nature08444
Zeng Z., Cortes-Ledesma F., El Khamisy S.F., Caldecott K.W. (2011). TDP2/TTRAP is the major 5'-tyrosyl DNA phosphodiesterase activity in vertebrate cells and is critical for cellular resistance to topoisomerase II-induced DNA damage. J. Biol. Chem. 286: 403—409. PMID 21030584 DOI:10.1074/jbc.M110.181016
Varady G., Sarkadi B., Fatyol K. (2011). TTRAP is a novel component of the non-canonical TRAF6-TAK1 TGF-beta signaling pathway. PLoS ONE. 6: E25548—E25548. PMID 21980489 DOI:10.1371/journal.pone.0025548
Gao R., Huang S.Y., Marchand C., Pommier Y. (2012). Biochemical characterization of human Tyrosyl DNA Phosphodiesterase 2 (TDP2/TTRAP): a Mg2+/Mn2+-dependent phosphodiesterase specific for the repair of topoisomerase cleavage complexes. J. Biol. Chem. 287: 30842—30852. PMID 22822062 DOI:10.1074/jbc.M112.393983

Примітки

↑ Захворювання, генетично пов'язані з TDP2 переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.
↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:17768 (англ.) . Процитовано 6 вересня 2017.
↑ UniProt, O95551 (англ.) . Архів оригіналу за 24 вересня 2017. Процитовано 6 вересня 2017.