Le variant Zeta, également connu sous le nom de lignée P.2, est un variant du SARS-CoV-2, le virus qui cause la COVID-19. Il a été détecté pour la première fois dans l'état de Rio de Janeiro ; il abrite la mutation E484K, mais pas les mutations N501Y et K417T. Il a évolué indépendamment à Rio de Janeiro sans être directement lié au variant Gamma de Manaus[1],[2].
Dans le cadre du schéma de dénomination simplifié proposé par l'Organisation mondiale de la santé, P.2 était étiqueté « variant Zeta » et était considéré comme un variant d'intérêt (VOI), mais pas un variant préoccupant[3]. Une deuxième vague a été précédée en novembre 2020 par une augmentation de la prévalence du variant Zeta parmi les séquences génétiques de l'État de São Paulo, déposées dans la base de données GISAID[4]. Depuis juillet 2021, Zeta n'est plus considéré comme un variant d'intérêt par l'OMS[5].
Mutation
Le génome Zeta possède 3 mutations d'acides aminés : E484K, D614G et V1176F, qui se trouvent toutes dans le code de la protéine Spike du virus[6]. Selon les Centres pour le contrôle et la prévention des maladies, le F565L a été détecté dans certaines séquences de variantes Zeta, mais pas toutes[7].
Notes et références
↑(en) « PANGO lineages Lineage P.2 », COV lineages (consulté le ) : « P.2… Alias of B.1.1.28.2, Brazilian lineage »
↑(en) Voloch, da Silva Francisco, de Almeida et Cardoso, « Genomic Characterization of a Novel SARS-CoV-2 Lineage from Rio de Janeiro, Brazil », Journal of Virology, vol. 95, no 10, (ISSN0022-538X, PMID 33649194, PMCID 8139668, DOI 10.1128/JVI.00119-21, lire en ligne)
↑(en) « Genomic characterisation of an emergent SARS-CoV-2 lineage in Manaus: preliminary findings », Virological, (consulté le )
↑(en) Ranzani, « Effectiveness of the CoronaVac vaccine in the elderly population during a Gamma variant-associated epidemic of COVID-19 in Brazil », medRxiv
↑(en) « Tracking SARS-CoV-2 variants », who.int, World Health Organization
↑(en) « Spike Variants: Zeta variant, aka P.2 », covdb.stanford.edu, Stanford University Coronavirus Antiviral & Resistance Database, (consulté le )
↑(en) « SARS-CoV-2 Variant Classifications and Definitions », CDC.gov, Centers for Disease Control and Prevention (consulté le )
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