BatCoV RaTG13
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Domaine | Riboviria |
---|---|
Règne | Orthornavirae |
Embranchement | Pisuviricota |
Classe | Pisoniviricetes |
Ordre | Nidovirales |
Sous-ordre | Cornidovirineae |
Famille | Coronaviridae |
Sous-famille | Orthocoronavirinae |
Genre | Betacoronavirus |
Sous-genre | Sarbecovirus |
Espèce | SARSr-CoV |
forme
Synonymes
- BatCoV Ra4991
- Espèce : SARSr-CoV
-
-
- SARSr-CoV WIV1
- SARSr-CoV RsSHC014
- SARS-CoV-1 (agent du SRAS)
-
-
- SARSr-CoV RaTG13
- SARS-CoV-2 (agent de la COVID-19)[1]
-
- Animal hôte :
- chauve-souris
- humain
Le Coronavirus de chauve-souris RaTG13 lié au SRAS ou Bat SL-CoV RaTG13 est une souche de betacoronavirus qui infecte la chauve-souris Rhinolophe fer à cheval intermédiaire (Rhinolophus affinis).
Elle a été découverte en 2013 dans des excréments de chauves-souris d'une grotte minière près de la ville de Tongguan du xian autonome hani de Mojiang dans le Yunnan en Chine. C'est le plus proche parent connu du SARS-CoV-2, virus qui cause la COVID-19[2],[3].
C'est une souche de coronavirus (CoV), infectant la chauve-souris (bat en anglais), d'où l'abréviation BatCoV (ou BtCoV)[4],[5].
Le nom de la souche elle-même comporte l'espèce porteuse (Ra – Rhinolophus affinis), le lieu de découverte (TG – Tongguan), et l'année de découverte (13 – 2013), soit « RaTG13 ».
Virologie
RaTG13 est un virus à ARN à simple brin à polarité positive doté d'une membrane externe. Son génome compte environ 29 800 nucléotides. Le génome code une réplicase (ORF1a/1b) et quatre protéines structurelles, dont une protéine spike (S), une protéine de membrane (M), une protéine de membrane externe (E) et une protéine de capside (N). Le génome contient également cinq gènes codant des protéines accessoires : NS3, NS6, NS7a, NS7b et NS8[5].
RaTG13 a une similarité nucléotidique de 96,1 % avec le virus du SARS-CoV-2, suggérant que le SARS-CoV-2 a pour origine les chauve-souris[6]. La plus grande différence entre RaTG13 et SARS-CoV-2 est la protéine spike (S), avec seulement 92,89% de similarité nucléotidique[5],[7]. A la différence du SARS-CoV-2, la protéine S du virus du RaTG13 est dépourvue du motif de clivage de la furine RRAR↓S.[8] De manière surprenante, il a été observé en laboratoire que RaTG13 est incapable de se fixer sur les récepteurs ACE2 des chauves-souris censées être son hôte naturel. En revanche, le RaTG13 reconnaît très bien les récepteurs ACE2 des souris et rats, et dans une moindre mesure ceux des humains. À partir de constat, il a été suggéré que l’échantillon fécal qui a permis de séquencer RaTG13 pourrait être en fait celui d’un rongeur et non d’une chauve-souris[9],[10].
ORF | Similitude en nucléotides |
---|---|
ORF1a | 96,05 % |
ORF1b | 97,33 % |
S | 92,89 % |
NS3 / ORF3a | 96,26 % |
E | 99,56 % |
M | 95,52 % |
NS6 / ORF6 | 98,39 % |
NS7a / ORF7a | 95,63 % |
NS7b / ORF7b | 99,24 % |
NS8 / ORF8 | 96,99 % |
N | 96,9 % |
Position phylogénétique
L'arbre phylogénétique de la branche des coronavirus apparentés au SARS-CoV-2, tel qu'obtenu sur la base du gène RdRp, est le suivant[11],[12],[13] :
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SARS-CoV-1, proche à 79 % du SARS-CoV-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
- Animal hôte :
- chauve-souris
- pangolin
- humain
Voir aussi
Notes et références
- (en) Cet article est partiellement ou en totalité issu de l’article de Wikipédia en anglais intitulé « RaTG13 » (voir la liste des auteurs).
- ↑ (en) Maciej F. Boni, Philippe Lemey, Xiaowei Jiang, Tommy Tsan-Yuk Lam, Blair W. Perry, Todd A. Castoe, Andrew Rambaut et David L. Robertson, « Evolutionary origins of the SARS-CoV-2 sarbecovirus lineage responsible for the COVID-19 pandemic », Nature Microbiology, vol. 5, no 11, , p. 1408-1417 (PMID 32724171, DOI 10.1038/s41564-020-0771-4, lire en ligne)
- ↑ Poudel U, Subedi D, Pantha S, Dhakal S, « Animal coronaviruses and coronavirus disease 2019: Lesson for One Health approach », Open Veterinary Journal, vol. 10, no 3, , p. 239–251 (PMID 33282694, PMCID 7703617, DOI 10.4314/ovj.v10i3.1
)
- ↑ Xiao C, Li X, Liu S, Sang Y, Gao SJ, Gao F, « HIV-1 did not contribute to the 2019-nCoV genome », Emerging Microbes & Infections, vol. 9, no 1, , p. 378–381 (PMID 32056509, PMCID 7033698, DOI 10.1080/22221751.2020.1727299
)
- ↑ Ge XY, Wang N, Zhang W, Hu B, Li B, Zhang YZ, Zhou JH, Luo CM, Yang XL, Wu LJ, Wang B, Zhang Y, Li ZX, Shi ZL, « Coexistence of multiple coronaviruses in several bat colonies in an abandoned mineshaft », Virologica Sinica, vol. 31, no 1, , p. 31–40 (PMID 26920708, PMCID 7090819, DOI 10.1007/s12250-016-3713-9)
- ↑ a b c et d (en) « Bat coronavirus RaTG13, complete genome », National Center for Biotechnology Information, (consulté le )
- ↑ (en) Hakim MS, « SARS‐CoV‐2, Covid‐19, and the debunking of conspiracy theories », Rev Med Virol, , e2222 (PMID 33586302, PMCID 7995093, DOI 10.1002/rmv.2222)
- ↑ a et b (en) « Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 isolate Wuhan-Hu-1, complete genome », NCBI (consulté le )
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- ↑ (en) Rossana Segreto, « The genetic structure of SARS‐CoV‐2 does not rule out a laboratory origin », BioEssays, (lire en ligne, consulté le )
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Liens externes
- Bat coronavirus RaTG13, complete genome
v · m Coronaviridae (famille des coronavirus) | |||||||||||||||||||||||||||||||
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