CCAAT增强子结合蛋白

C/EBPα的bZip结构域与DNA结合。PDB条目1nwq[1]

CCAAT增强子结合蛋白,简称C/EBP,是一个由六个成员组成的转录因子家族,从C/EBPα到C/EBPζ命名。它们通过与其启动子的相互作用促进某些基因的表达。一旦与DNA结合,C/EBP就可以招募所谓的共激活因子(例如CBP[2][3]),进而可以打开染色质结构或招募基础转录因子

功能

C/EBP蛋白与CCAAT(胞嘧啶-胞嘧啶-腺苷-腺苷-胸苷)盒基序相互作用,该基序存在于几个基因启动子中。它们的特点是在C端具有高度保守的碱性亮氨酸拉链(bZIP)结构域。该结构域与含有亮氨酸拉链结构域的家族(c-Fos和c-jun)的其他转录因子一样,参与二聚化和DNA结合。 C/EBP的bZIP结构域结构由一个α螺旋组成,当它二聚化时形成一个“盘绕”结构。C/EBP家族的成员可以与其他C/EBP和其他转录因子形成同源二聚体或异源二聚体,这些转录因子可能包含或不包含亮氨酸拉链结构域。二聚化是使C/EBP通过DNA大沟中的回文序列特异性结合DNA所必需的。C/EBP蛋白在N端也含有激活结构域和调节结构域。

这些蛋白质存在于肝细胞脂肪细胞造血细胞大脑和许多其他器官中。 C/EBP 蛋白参与不同的细胞反应,例如控制细胞增殖、生长和分化、代谢免疫。几乎所有C/EBP家族的成员都可以通过其激活结构域与基础转录装置的成分相互作用来诱导转录(C/EBPγ是一个例外,它缺乏功能性转录激活结构域)。它们的表达在多个水平上受到调节,包括通过激素丝裂原细胞因子营养和其他因素。

这种蛋白质在哺乳动物的神经系统中表达,在神经细胞的发育和功能中起重要作用。C/EBPβ在神经元分化、学习、记忆过程、神经胶质神经元细胞功能以及神经营养因子表达中发挥作用。

基因转录

C/EBPαC/EBPβC/EBPγC/EBPδ基因没有内含子。C/EBP-ζ有四个外显子;C/EBPε有两个,由于启动子和剪接的替代使用,导致四个同工型。对于C/EBPα和C/EBPβ,可以通过交替使用起始密码子来产生不同大小的多肽。这被认为是由于核糖体扫描机制较弱。C/EBPα的mRNA可以转录成两种多肽。对于C/EBPβ,制备了三种不同的多肽:LAP*(38kDa)、LAP(35kDa)和LIP(20kDa)。翻译最多的异构体是LAP,然后是LAP*和LIP。LIP可以通过形成非功能性异二聚体作为其他C/EBP的抑制剂

调节

C/EBPβ功能受多种机制调节,包括磷酸化乙酰化、激活、自动调节和通过其他转录因子、致癌元件或趋化因子的抑制。C/EBPβ可以与CREB、NF-κB和其他蛋白质相互作用,从而产生反式激活潜力。

C/EBPβ的磷酸化可具有激活或抑制作用。例如,人C/EBPβ中苏氨酸235的磷酸化或小鼠和大鼠C/EBPβ中苏氨酸188的磷酸化对C/EBPβ反式激活能力很重要。C/EBPβ在其调节域中的磷酸化也可以调节其功能。

秀丽隐杆线虫中表明,cebp-1 mRNA 3'非转译区的多个顺式元件有助于CEBP-1在神经元发育中的表达。[4]

临床意义

在脂肪生成细胞中的作用

C/EBPβ和δ在脂肪细胞分化的早期阶段(脂肪细胞生成)被短暂诱导,而C/EBPα在脂肪细胞生成的末期被上调。体外和体内研究表明,每一种都在这一过程中发挥着重要作用。例如,来自缺乏C/EBPβ和C/EBPδ的小鼠的小鼠胚胎成纤维细胞(MEF)显示出对脂肪形成刺激的反应受损的脂肪细胞分化。[5]相反,即使在没有脂肪细胞形成刺激的情况下,3T3-L1前脂肪细胞中C/EBPβ和δ的异位表达也会促进脂肪细胞生成。[6][7]C/EBPβ和δ促进脂肪细胞生成,至少部分是通过诱导“主”脂肪生成转录因子C/EBPα和PPAR-γ的表达。

C/EBPα是脂肪细胞生成和正常脂肪细胞功能所必需的。例如,在除肝脏(需要避免产后致死)外的所有组织中缺乏C/EBPα的小鼠显示出异常的脂肪组织形成。[8]此外,各种成纤维细胞系中C/EBPα的异位表达促进脂肪细胞生成。[9]C/EBPα可能通过诱导PPAR-γ的表达来促进脂肪细胞生成。[10]

在骨质疏松症的作用

C/EBPβ已被发现在骨质疏松症的发展中起作用。 C/EBPβ蛋白(LAP)的全长同种型激活MafB基因,而短同种型(LIP)抑制它。MafB基因激活抑制破骨细胞的形成。因此,LAP的上调减少了破骨细胞的数量,这削弱了骨质疏松过程,而LIP的上调则相反,增加了骨量的损失。

LAP/LIP平衡由mTOR蛋白决定。抑制mTOR的表达可以阻止破骨细胞的活性。[11]

在癌症中的作用

CCAAT/增强子结合蛋白通常参与生长停滞和分化,这被解释为表明这些蛋白具有肿瘤抑制活性。然而,CCAAT/增强子结合蛋白的过度表达与胶质母细胞瘤的不良预后相关,并促进宫颈癌的基因组不稳定性,暗示其具有致癌作用。然而,重要的是,C/EBPδ在胰腺导管腺癌中充当肿瘤抑制因子。这是特别令人感兴趣的,因为在胰腺癌的背景下仅发现了少数肿瘤抑制因子。[12]因此,CCAAT/增强子结合蛋白在癌症中的功能明显依赖于环境,但在很大程度上抑制了肿瘤。

参考文献

  1. ^ Miller M, Shuman JD, Sebastian T, Dauter Z, Johnson PF. Structural basis for DNA recognition by the basic region leucine zipper transcription factor CCAAT/enhancer-binding protein alpha. The Journal of Biological Chemistry. Apr 2003, 278 (17): 15178–84. PMID 12578822. doi:10.1074/jbc.M300417200可免费查阅. 
  2. ^ Kovács KA, Steinmann M, Magistretti PJ, Halfon O, Cardinaux JR. CCAAT/enhancer-binding protein family members recruit the coactivator CREB-binding protein and trigger its phosphorylation. The Journal of Biological Chemistry. Sep 2003, 278 (38): 36959–65. PMID 12857754. doi:10.1074/jbc.M303147200可免费查阅. 
  3. ^ Ramji DP, Foka P. CCAAT/enhancer-binding proteins: structure, function and regulation. The Biochemical Journal. Aug 2002, 365 (Pt 3): 561–75. PMC 1222736可免费查阅. PMID 12006103. doi:10.1042/BJ20020508. 
  4. ^ Sharifnia P, Kim KW, Wu Z, Jin Y. Distinct cis elements in the 3' UTR of the C. elegans cebp-1 mRNA mediate its regulation in neuronal development. Developmental Biology. September 2017, 429 (1): 240–248. PMC 5828015可免费查阅. PMID 28673818. doi:10.1016/j.ydbio.2017.06.022. 
  5. ^ Tanaka T, Yoshida N, Kishimoto T, Akira S. Defective adipocyte differentiation in mice lacking the C/EBPbeta and/or C/EBPdelta gene. The EMBO Journal. Dec 1997, 16 (24): 7432–43. PMC 1170343可免费查阅. PMID 9405372. doi:10.1093/emboj/16.24.7432. 
  6. ^ Cao Z, Umek RM, McKnight SL. Regulated expression of three C/EBP isoforms during adipose conversion of 3T3-L1 cells. Genes & Development. Sep 1991, 5 (9): 1538–52. PMID 1840554. doi:10.1101/gad.5.9.1538可免费查阅. 
  7. ^ Yeh WC, Cao Z, Classon M, McKnight SL. Cascade regulation of terminal adipocyte differentiation by three members of the C/EBP family of leucine zipper proteins. Genes & Development. Jan 1995, 9 (2): 168–81. PMID 7531665. doi:10.1101/gad.9.2.168可免费查阅. 
  8. ^ Linhart HG, Ishimura-Oka K, DeMayo F, Kibe T, Repka D, Poindexter B, Bick RJ, Darlington GJ. C/EBPalpha is required for differentiation of white, but not brown, adipose tissue. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. Oct 2001, 98 (22): 12532–7. Bibcode:2001PNAS...9812532L. PMC 60088可免费查阅. PMID 11606718. doi:10.1073/pnas.211416898可免费查阅. 
  9. ^ Freytag SO, Paielli DL, Gilbert JD. Ectopic expression of the CCAAT/enhancer-binding protein alpha promotes the adipogenic program in a variety of mouse fibroblastic cells. Genes & Development. Jul 1994, 8 (14): 1654–63. PMID 7958846. doi:10.1101/gad.8.14.1654可免费查阅. 
  10. ^ Clarke SL, Robinson CE, Gimble JM. CAAT/enhancer binding proteins directly modulate transcription from the peroxisome proliferator-activated receptor gamma 2 promoter. Biochemical and Biophysical Research Communications. Nov 1997, 240 (1): 99–103. PMID 9367890. doi:10.1006/bbrc.1997.7627. 
  11. ^ [1] (页面存档备份,存于互联网档案馆), Oxytocin Controls Differentiation of Human Mesenchymal Stem Cells and Reverses Osteoporosis
  12. ^ Hartl L, Duitman J, Aberson HL, Chen K, Dijk F, Roelofs JJ, Dings MP, Hooijer GK, Hernanda PY, Pan Q, Busch OR, Besselink MG, Boerman T, Peppelenbosch MP, Bijlsma MF, Spek CA. CCAAT/Enhancer-Binding Protein Delta (C/EBPδ): A Previously Unrecognized Tumor Suppressor that Limits the Oncogenic Potential of Pancreatic Ductal Adenocarcinoma Cells. Cancers (Basel). Sep 2020, 12 (9): 2546. PMC 7564797可免费查阅. PMID 32906832. doi:10.3390/cancers12092546可免费查阅. 

外部链接

 
(1) 碱性结构域
(1.1)碱性亮氨酸拉链
bZIP英语bZIP domain
转录激活因子英语Activating transcription factorAATF英语Apoptosis-antagonizing transcription factor1、2、3、4、5、6、7) · AP-1(c-Fos、FOSB、FOSL1、FOSL2、c-Jun、JUNB、JUND) · BACH(1、2) · BATF · BLZF1 ·
C/EBP(αβγδ、ε、ζ) · CREB(1、3、L1) · CREM · DBP · DDIT3 · GABPA · Gcn4 · HLF · MAF(B、F、G、K) ·
NFE(2、L1、L2、L3) · NFIL3 · NRL · NRF(1、2、3) · XBP1
(1.2)碱性螺旋-环-螺旋
bHLH
ATOH1 · AhR · AHRR · ARNT · ASCL1 · BHLHB2 · BMAL(ARNTL、ARNTL2) · CLOCK · EPAS1 · HAND(1、2) · HES(5、6) ·
HEY(1、2、L) · HES1 · HIF(1A、3A) · ID(1、2、3、4) · LYL1 · MXD4 · MYCL1 · MYCN · Neurogenins(1、2、3 ·
肌形成调节因子英语Myogenic regulatory factors(MyoD、成肌蛋白、MYF5、MYF6) · NeuroD(1、2) · NPAS(1、2、3) · OLIG(1、2) · Pho4 ·
Scleraxis · TAL(1、2) · Twist · USF1
(1.3)bHLH-ZIP英语Basic helix-loop-helix leucine zipper transcription factors
AP-4 · MAX · MITF · MNT · MLX · MXI1 · Myc · SREBP(1、2)
(1.4) NF-1
NFI(A、B、C、X) · SMAD(R-SMAD(1、2、3、5、9) - I-SMAD(6、7) - 4)
(1.5) RF-X
RFX(1、2、3、4、5、ANK)
(1.6)碱性螺旋-跨-螺旋英语Basic helix-span-helix
(bHSH)
AP-2(α、β、γ、δ、ε)
 
(2) 锌指结构DNA作用区域
(2.1) 核受体Cys4
第一亚族:甲状腺激素受体αβ)、CAR、FXRLXR(α、β)、PPARα英语Peroxisome proliferator-activated receptor alpha、β/δ、γ)、PXR、RAR(α、β、γ)、ROR(α、β、γ)、
Rev-ErbA(α、β)、VDR
第二亚族(COUP-TF(I、II)、Ear-2英语V-erbA-related geneHNF4英语Hepatocyte nuclear factor 4(α、γ)、PNR、RXR(α、β、γ)、Testicular receptor(2、4)、TLX)
第三亚族(甾类激素英语Steroid hormone receptor雄激素、雌激素(α、β)、糖皮质激素、盐皮质激素、孕酮)、雌激素相关英语Estrogen related receptor(α、β、γ))
第四亚族NUR英语Nur (biology)(NGFIB、NOR1、NURR1) · 第五亚族LRH-1、SF1 · 第六亚族GCNF英语Germ cell nuclear factor · 第零亚族DAX1、SHP英语Small heterodimer partner
(2.2) 其他的Cys4结构
GATA英语GATA transcription factor(1、2、3、4、5、6) · MTA(1、2、3) · TRPS1英语Tricho-rhino-phalangeal syndrome Type 1
(2.3) Cys2His2
通用转录因子(TFⅡA、TFⅡB、TFIID、TFⅡE、TFⅡF(1、2)、TFⅡH(1、2、4、2I、3A、3C1、3C2))
ATBF1 · BCL(6、11A、11B) · CTCF · E4F1 · EGR(1、234 · ERV3 · GFI1 · GLI-Krüppel family(1、2、3、REST、S2、YY1) ·
HIC(1、2) · HIVEP(1、2、3) · IKZF(1、2、3) · ILF(2、3) · Sp/KLF家族KLF:1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、17,SP:1、2、4、7、8 · MTF1 · MYT1 ·
OSR1 ·  · WT1 · Zbtb7(7A、7B) · ZBTB(16、17、20、32、33、40) · zinc finger(3、7、9、10、19、22、24、33B、
34、35、41、43、44、51、74、143、146、148、165、202、217、219、238、239、259、267、268、281、295、318、330、346、350、365、366、384、
423、451、452、471、593、638、649、655)
(2.4) Cys6
HIVEP1
(2.5)交替composition
AIRE · DIDO1 · GRLF1 · ING(1、2、4) · JARID(1A、1B、1C、1D、2) · JMJD1B
(2.6)WRKY结构
WRKY转录因子家族英语WRKY transcription factor family
 
(3)螺旋-转角-螺旋结构域
ARX英语Aristaless related homeobox · CDX1、2) · CRX · CUTL1 · DBX(1、2)  · DLX(3、4、5) · EMX2 · EN(1、2) · FHL(1、2、3) · HESX1 · HHEX · HLX · 同源框(A1、A2、A3、A4、A5、A7、A9、A10、A11、A13、B1、B2、B3、B4、B5、B6、B7、B8、B9、B13、C4、C5、C6、C8、C9、C10、C11、C13、D1、D3、D4、D8、D9、D10、D11、
D12、D13) · HOPX · IRX(1、2、3、4、5、6、MKX) · LMX(1A、1B) · MEIS(1、2) · MEOX2 · MNX1 · MSX1、2) · NANOG · NKX(2-1、2-2、2-3、2-5、3-1、3-2、6-1、6-2) · PBX(1、2、3) · PHF(1、3、6、8、10、16、17、20、21A) · PITX(1、2、3) · POU结构域(PIT-1、BRN-3: A、B、C、八聚体转录因子:1、2、3/4、6、7、11) · OTX(1、2) · PDX1 · ZEB1、2)
(3.2)配对框
PAX(1、2、3、4、5、6、7、8、9)
(3.3)叉头状/翼状螺旋
E2F1、2、3、4、5) · FOX proteins(C1、C2、D3、E1、G1、H1、K2、L2、M1、N3、O1、O3、O4、P1、P2P3
(3.4)热休克因子英语Heat Shock Factor
HSF(1、2、4)
(3.5)色氨酸簇英语Tryptophan clusters
ELF(2、4、5) · EGF · ELK(1、3、4) · ERF · ERG · ETS(1、2、SPIB) · ETV(1、4、5、6) · FLI1 · Interferon regulatory factors(1、2、3、4、5、6、7、8) · MYB · MYBL2
(3.6)TEA结构域
transcriptional enhancer factor(1、2、3、4)
 
(4) 具有小凹槽触点的β-支架因子
(4.1) Rel homology region英语Rel homology domain
NF-κB(NFKB1、NFKB2、REL、RELA、RELB) · NFAT(C1、C2、C3、C4、5)
(4.2) STAT
STAT1234、5、6
(4.3) p53样转录因子
p53 p63 p73家族p53 · p63 · p73 · TBX(1、2、3、5、19、21、22、Brachyury、TBR1)
(4.4) MADS盒
Mef2(A、B、C、D) · SRF
(4.7) 高迁移率族
BBX英语BBX (gene) · HMGB1英语HMGB12英语HMGB23英语HMGB34英语HMGB4 · HMGN英语HMGN、(1英语HMGN12英语HMGN23英语HMGN34英语HMGN4 · HNF(1A、1B) · SOX(1、2、3、4、5、6、8、9、10、11、12、13、14、15、18、21、SRY · SSRP1 ·
TCF/LEF家族TCF(1、3、4) · LEF1) · TOX(1、2、3、4)
(4.9) Grainyhead英语Grainyhead
TFCP2
(4.10) 冷休克域英语Cold-shock domain
CSDA、YBX1
(4.11) Runt
CBF(CBFA2T2、CBFA2T3、RUNX1、RUNX2、RUNX3、RUNX1T1)
 
(0) 其他转录因子
(0.2) HMGI(Y)
HMGA(1、2) · HBP1
(0.3) 袋状结构域
Rb · RBL1英语Retinoblastoma-like protein 1 · RBL2英语Retinoblastoma-like protein 2
(0.5) AP-2/EREBP-related factors
Apetala 2 · EREBP英语Ethylene-responsive element binding protein · B3(ARF · ABI3 · RAV)
(0.6) Miscellaneous
ARID(1A、1B、2、3A、3B、4A) · CAP · IFI(16、35) · MLL(2、3、T1) · MNDA · NFY(A、B、C) · ρ因子/σ因子
参见 转录因子/共调节因子缺陷英语Template:Transcription factor/coregulator deficiencies
Category:蛋白质生物合成模板